如何提取gro文件中每个元素的元素符号？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-1-3 14:55:31

如题，现在得到了gro文件，想通过fortran程序计算gro文件中每个分子的质心。

按照格式(i5,2a5,i5,3f8.3)去读gro文件，在第二个a5格式的时候读到了元素符号，不过gro文件里元素后面还跟了数字，例如读到的数据为： C1（前面有三个空格）

现在我仅仅需要元素，而不要后面的数字，应该怎么处理？

谢谢老师指点~

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-3 15:09:16

character*10 str1,str2
character elename
...
read(10,*) str1,str2
elename=str2(1:1)
...

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-1-3 15:13:46

sobereva 发表于 2018-1-3 15:09
character*10 str1,str2
character elename
...

sob老师的意思是说：直接用两个长度为10的字符串来读前面的20个字符吗？

我暂时想到了另一种方法：通过vmd把gro文件转成xyz文件，xyz文件中元素是对齐的。gro文件主要在于元素后面的数字会逐渐增加，导致元素对不齐。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-3 15:20:06

让你变成回忆发表于 2018-1-3 15:13
sob老师的意思是说：直接用两个长度为10的字符串来读前面的20个字符吗？

我暂时想到了另一种方法：通 ...

残基名+残基号和原子名分别被读入str1和str2字符串里。str2字符串第一个字符就是元素名（也看情况。gro里记录的原子名往往第一个字符不对应元素名）

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-1-3 15:23:25

sobereva 发表于 2018-1-3 15:20
残基名+残基号和原子名分别被读入str1和str2字符串里。str2字符串第一个字符就是元素名（也看 ...

OK! 搞定了。

谢谢sob老师！

beefly · 发表于 Post on 2018-1-3 17:07:05

你可以读入一个字符串sss，然后把其中非字母的字符都改为空格，然后
read(sss,*)element

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