如何在amber模擬時對特定的兩個原子做restraint??

xroxzero · 发表于 Post on 2017-9-28 16:24:43

各位老師好

我想在進行模擬時進行兩個原子的restraint，我在input檔裡加了 restraint_wt=10 restraintmask="@12,17"

我還想在這兩個指定原子加上距離上的限制例如:將這兩個原子restraint在3A

請問我該怎麼設定呢??

謝謝各位老師

agent99 · 发表于 Post on 2017-9-28 23:19:59

你用的是cartesian restraint，那么所有原子的平衡位置都是你的参考坐标（运行命令里 -ref 后面的文件）。对于你的情况，显然是个internal coordinate的restraint，推荐用nmropt，然后只需写一个两行的小文件定义一个harmonic restraint就行了，具体请看amber的tutorial

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