自由能计算中bonded-lambdas参数的疑问

qczgzly

　　我在学习主客体结合自由能计算方法时从AlchemistryWiki网站上看到了一个教程，其热力学路径如下：

　　　　

那么主客体结合能可表示为配体在含主体的水中的溶解自由能（ΔG_D->F）减去配体在水中的溶解自由能（ΔG_A->C），其中前者能量分为库仑作用能、范德华作用能和约束能三部分。同时mdp文件中的参数如下所设：
　　　　

1. free-energy              = yes
   
2. couple-moltype           = ligand
   
3. couple-lambda0           = vdw-q
   
4. couple-lambda1           = none
   
5. couple-intramol          = no
   
6. separate-dhdl-file       = yes
   
7. sc-alpha                 = 0.5
   
8. sc-power                 = 1
   
9. sc-sigma                             = 0.3
   
10. init-lambda-state        = 3
    
11. bonded-lambdas           = 0.0 0.01 0.025 0.05 0.075 0.1 0.2 0.35 0.5 0.75 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0
    
12. coul-lambdas             = 0.0 0.00 0.000 0.00 0.000 0.0 0.0 0.00 0.0 0.00 0.0 0.25 0.5 0.75 1.0 1.00 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0 1.00 1.0
    
13. vdw-lambdas              = 0.0 0.00 0.000 0.00 0.000 0.0 0.0 0.00 0.0 0.00 0.0 0.00 0.0 0.00 0.0 0.05 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.65 0.7 0.75 0.8 0.85 0.9 0.95 1.0
    
14. nstdhdl                  = 100
    
15. calc-lambda-neighbors    = -1
    

复制代码

通过couple-lambda0和couple-lambda1可以看出该过程的始态为F态，耦合了库仑作用和范德华作用，终态为D态，去除了库仑作用和范德华作用耦合。我想请教（1）bonded-lambdas=0对应的是含约束的态还是去约束的态呢？（2）这些lambdas的设置是对应上图从F到E再到D的热力学过程吗？（3）对于从C到A的热力学过程，没有主体参与，相应的mdp参数中没有声明bonded-lambdas（我看其它很多做主客体结合能的文献中同样做如此设置），是不是说明C、B是同一个状态？谢谢！