可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序

王纪峰 · 发表于 Post on 前天 10:29

科研小白0126 发表于 2025-8-19 21:50
大佬我这是smile格式不对吗，纯小白
Failed to run notebook: 2_Polymer_chg_and_Polymer_creation_ Linea ...

认真看帖子，写的SMILES明显不对，键接位点呢

王纪峰 · 发表于 Post on 前天 10:30

SMILES的问题在上面已经回答的非常详细了，请仔细核对SMILES是否正确，类似问题不再回答

牧生 · 发表于 Post on 前天 12:22

本帖最后由牧生于 2025-8-20 12:23 编辑

一般情况下，很多人用chemdraw画结构式，没有很注意那个连接位点，包括我自己也从来就没注意过那个*号表示连接点。。

我在这里帖一下方法。。

用丙烯酸为例：

因为组合成聚合物链，是一个重复过程，所以，必须画重复的单元，*号视为那个连接的点，需要在两端分别点上一个*号，且电荷必须正确。

得到的结果就是这样的结构式

然后复制为SMILES

得到

xiaowu759 · 发表于 Post on 前天 15:49

It sounds good. I'll try it.

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 15:49

牧生发表于 2025-8-20 12:22
一般情况下，很多人用chemdraw画结构式，没有很注意那个连接位点，包括我自己也从来就没注意过那个*号表示 ...

感谢大神终于知道怎么在smiles里找连接位点了

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 15:49

王纪峰发表于 2025-8-20 10:29
认真看帖子，写的SMILES明显不对，键接位点呢

万分感谢您的回复

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 15:59

牧生发表于 2025-8-20 12:22
一般情况下，很多人用chemdraw画结构式，没有很注意那个连接位点，包括我自己也从来就没注意过那个*号表示 ...

您好方便问一下您这是chemdraw哪个版本吗，我的ChemDraw 22.0.0 64未找到该工具

牧生 · 发表于 Post on 前天 16:09

科研小白0126 发表于 2025-8-20 15:59
您好方便问一下您这是chemdraw哪个版本吗，我的ChemDraw 22.0.0 64未找到该工具

你能给某个原子标正负电荷，就能标上那个*

我用的很旧了，还是2012版的

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 18:12

打扰您了，我这个两个任务正在进行是只有完全结束才会显示在下面的任务历史的吗

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 18:17

科研小白0126 发表于 2025-8-20 18:12
打扰您了，我这个两个任务正在进行是只有完全结束才会显示在下面的任务历史的吗

这两个任务是我的吗老师，我看下面历史记录和我提交的时间不一样

王纪峰 · 发表于 Post on 前天 20:12

科研小白0126 发表于 2025-8-19 21:50
大佬我这是smile格式不对吗，纯小白
Failed to run notebook: 2_Polymer_chg_and_Polymer_creation_ Linea ...

后台发现您这边输入的单体SMILES过于复杂，在转化为SMILES转化为3D结构的过程出现了问题，导致失败，目前正在想方法解决。

科研小白0126 · 发表于 Post on 前天 20:42

王纪峰发表于 2025-8-20 20:12
后台发现您这边输入的单体SMILES过于复杂，在转化为SMILES转化为3D结构的过程出现了问题，导致失败，目前 ...

好的谢谢您

王纪峰 · 发表于 Post on yesterday 11:18

科研小白0126 发表于 2025-8-20 15:59
您好方便问一下您这是chemdraw哪个版本吗，我的ChemDraw 22.0.0 64未找到该工具

其实不需要使用工具来写键接位点，直接使用文本编辑，在键接位点处用文本写入*即可（注意对其位点）

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