利用cp2k进行MD的 NPT计算，任务仍在运行，但是相关结果文件没有输出

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【CP2K】利用cp2k进行MD的 NPT计算，任务仍在运行，但是相关结果文件没有输出

Uus/pMeC6H4-/キ

这个只有一分子[Ir(CO)2I2]-、五分子乙酸和三分子碘甲烷的结构是要表现什么体系的什么反应呢，感觉好像Monsanto process或者Cativa process一类的过渡金属催化有机合成，但是又没有半点溶剂就很奇怪。如果真是这么复杂的多步过程，鉴于第一性原理分子动力学模拟的时间和空间尺度都很有限，分子间速度和朝向恰到好处的碰撞并连续发生预期的反应是极其极其极其稀有的事件，根本不可能指望随便把反应物放一起就能看见想要的结果。

sobereva

不要在标题里手写【CP2K】这种标签，CP2K的问题必须发到专门的分类，这次给你移动了，以后注意

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-7 20:51
这个只有一分子-、五分子乙酸和三分子碘甲烷的结构是要表现什么体系的什么反应呢，感觉好像Monsanto proces ...

谢谢老师的回复！本意是想要考察催化剂分子Ir(CO)2I2-与溶剂分子例如乙酸、碘甲烷等的作用。老师您的意思是这样的结构做MD难以有合理结果吗？请问模型不合理是否是不输出的主要原因呢？

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sobereva 发表于 2025-5-7 21:09
不要在标题里手写【CP2K】这种标签，CP2K的问题必须发到专门的分类，这次给你移动了，以后注意

谢谢老师的调整，下次一定注意！

Uus/pMeC6H4-/キ

11WQY 发表于 2025-5-8 10:05
谢谢老师的回复！本意是想要考察催化剂分子Ir(CO)2I2-与溶剂分子例如乙酸、碘甲烷等的作用。老师您的意思 ...

到底是催化剂与溶剂的什么作用？是否涉及配体配位/解离/取代、氧化加成/还原消除等金属有机反应，还是仅涉及溶质溶剂通过弱相互作用形成团簇的过程？我上面说的话并不在解决“CP2K跑MD没有输出”这种次要问题上，因为取决于根源的具体研究目的，可能“CP2K跑MD”都未必是合适的研究方法。

11WQY

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-8 10:25
到底是催化剂与溶剂的什么作用？是否涉及配体配位/解离/取代、氧化加成/还原消除等金属有机反应，还是仅 ...

老师，请问如果考察 1.溶剂作用下催化剂的配体解离现象来分析不同溶剂作用下催化剂结构的稳定性，以及 2.不同比例的溶剂与催化剂的弱相互团聚现象，利用cp2k运行MD是否合理呢。初步思路是 1.在溶剂环境下，分析相关配体的键长变化，分析其是否有解离趋势 2.在体系能够达平衡时，分析体系分子与溶剂分子的距离，分析其是否属于同一团簇。

Uus/pMeC6H4-/キ

11WQY 发表于 2025-5-8 19:07
老师，请问如果考察 1.溶剂作用下催化剂的配体解离现象来分析不同溶剂作用下催化剂结构的稳定性，以及 2. ...

这两种问题都有无需分子动力学也能结合DFT做的静态研究方法：团簇可以通过构型搜索、批量优化的方式获得，配体解离反应可以寻找过渡态并跑IRC、绘制反应路线并计算自由能变等，二者还能结合波函数分析获得更多结论。
当然实在要跑分子动力学按你的思路做动态研究也不是完全不合理，但是只用CP2K就会有我2楼说的问题，有限的模拟可能不足以获得统计意义的结论。建议了解一下能比DFT处理更大尺寸更长时间的模拟的理论方法，包括经典分子力场（因函数形式简单而能算得动大体系，但不能严格表现成键断键的化学反应）和机器学习势（比如基于DeePMD-kit的NNP之类）等，以及增强采样计算反应自由能变的一大堆方法。
具体在上面两大类里如何选择看课题要求，也参考http://sobereva.com/680的介绍。

如果说回1楼体系的问题，该温度和压强下溶液的密度显然没这么低，你不觉得20埃大的盒子才放零星几个小分子更像是气态么（）