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[GROMACS] 求助使用gromacs模拟金属Co和二甲基咪唑自组装过程的力场

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各位老师,请问gromacs有什么力场支持包含金属Co离子和有机分子的自组装过程模拟?
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发表于 Post on 2025-4-15 03:58:13 | 只看该作者 Only view this author
如果是中途形成配位键,gromacs没有力场能支持。应当用CP2K跑第一性原理动力学
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 17:13:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-15 03:58
如果是中途形成配位键,gromacs没有力场能支持。应当用CP2K跑第一性原理动力学

老师,针对这样的体系,有建议的泛函和基组吗?
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发表于 Post on 2025-4-24 18:31:54 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2025-4-24 17:13
老师,针对这样的体系,有建议的泛函和基组吗?

PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH

耗时极低的GFN1-xTB也可以试试(也可以作为昂贵的DFT的AIMD之前的测试),但未必能保证结果定性正确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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