求助：GMX+Metadynamics计算小分子穿膜能垒的plumed设置

含光君

大家好，

我想通过增强采样方法研究小分子穿越溶液表面两亲分子膜的能垒。

在plumed输入文件中，我将小分子的质心z坐标(pz)定义为CV (collective variable), 但是不知道是否需要固定住其质心的x,y坐标。

下面是比较困惑的地方：
一方面，如果不固定住，模拟轨迹中小分子看起来就在整个盒子中自由移动，不知由此得出的G~pz曲线是否有意义。
另一方面，如果固定住，由于表面两亲分子不是规则排列的，小分子从不同区域穿过界面能垒大概率不一样。


模拟盒子信息：体系中有一个水层，水层表面是一层两亲分子膜，体系中有一个小分子。



Plumed输入文件：

1. MOLINFO STRUCTURE=reference.pdb
   
2. 
   
3. LIM: GROUP NDX_FILE=index.ndx NDX_GROUP=LIN
   
4. c1: COM ATOMS=LIN
   
5. p: POSITION ATOM=c1
   
6. 
   
7. uwall: UPPER_WALLS ARG=p.z AT=7  KAPPA=3000
   
8. lwall: LOWER_WALLS ARG=p.z AT=-7 KAPPA=3000
   
9. 
   
10. metad: METAD ...
    
11. ARG=p.z
    
12. SIGMA=0.10
    
13. PACE=500
    
14. FILE=HILLS
    
15. TEMP=300
    
16. HEIGHT=0.5
    
17. GRID_MIN=-10 GRID_MAX=10 GRID_BIN=2400
    
18. ...
    
19. 
    
20. PRINT ARG=p.z FILE=COLVAR STRIDE=1
    

复制代码

student0618

在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull code比plumed跑得快。

含光君

student0618 发表于 2025-4-3 13:32
在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull co ...

谢谢！

这里您指的是跑多个PMF比较不同区域过膜的能垒，最后取个平均嘛？

以及，不带plumed大概可以快多少呢？

Acee

plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件

含光君

Acee 发表于 2025-4-5 14:41
plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件

哦哦好，谢谢大佬！