受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟基本流程--根据第14届培训内容整理

lijilo

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:12
我是蛋白和2个配体，构建的topol文件一直有这样的报错，该怎么修改啊，我直接用的sobtop生成的小分子拓扑文 ...

查看一下你的引用顺序，是否有错误，另外就是你的top文件末尾是否确认添加了你的两个小分子配体的resname

lijilo

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:14
用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p t ...

并不是每一个体系之中都含有离子，就如同楼上sob老师所说，需要根据你的具体情况进行输入，我给你粘贴的就是我的蛋白质-配体分子之间的引用顺序，重点是每次对top文件有修改后都手动进去看一下末尾，引入的蛋白质、小分子、离子、溶液分子是否正确换行，其他的基本上不会出现太多问题。