在晶体中，分子间没有pi-pi堆积情况下，是否可以定义这个分子的聚集类型？

mathsfigher

各位大神，最近我做了一个单晶，解出来之后发现这个分子在晶体中没有pi-pi堆积，但我本人不确定pi-pi堆积与聚集类型（J型或H型）是否有绝对的联系，就是，在没有pi-pi堆积的情况下，我是否可以claim这个分子在晶体中具有J型或H型聚集？

三石草祭

我也不懂，pi-pi堆积有三类：面面堆积（H），错位堆积（J），线面堆积（X），我理解的是你认为没有H堆积，但不清楚是否有J堆积或者X堆积，这可以借助sob老师的Multiwfn计算下是否有弱相互作用 http://sobereva.com/68，希望对你有帮助。

mathsfigher

三石草祭 发表于 2016-7-7 09:06
我也不懂，pi-pi堆积有三类：面面堆积（H），错位堆积（J），线面堆积（X），我理解的是你认为没有H堆积， ...

弱相互作用应该有的，毕竟可以形成晶体，但究竟是何种弱相互作用，这个很难解释了。

我看了很多文献，您说的X聚集应该是对晶体中分子的排列有关吧，是不是X聚集可以说是同时含有H聚集与J聚集？

另外，更多的文献是将H聚集和J聚集与分子的吸收性质构成关系，但没有明确地指出与pi-pi堆积是否有必然联系。

所以，我现在又多了一个问题，判断分子的H与J聚集究竟是通过晶体中分子排列，还是通过吸收光谱，这两种方法究竟哪种比较准确？

三石草祭

mathsfigher 发表于 2016-7-7 12:54
弱相互作用应该有的，毕竟可以形成晶体，但究竟是何种弱相互作用，这个很难解释了。

我看了很多文献， ...

拿两个苯环举例吧，正对着就是H二聚体，错开就是J聚集体，两者垂直是X聚集体，通过光谱我认为是可以看的，比如说看它的stake位移，因为X聚集最稳定，所以它的stake位移会小一些，但毕竟光谱不会仅仅被这一种因素影响，我认为还是看分子排列更好一些，比如说H聚集中我们可以通过距离来区分有无，我对这方面只是了解也不多，请多指教

mathsfigher

三石草祭 发表于 2016-7-7 15:22
拿两个苯环举例吧，正对着就是H二聚体，错开就是J聚集体，两者垂直是X聚集体，通过光谱我认为是可以看的 ...

前段时间一直在考虑这个问题，忘了回复了。

由于我的分子属于D-A-D型共轭结构，分子内的ICT效应会严重影响我们利用光谱来分析其聚集类型。

首先，判断分子的聚集类型与分子间是否存在pi-pi堆积没有绝对联系！这是肯定的。

其次，除了利用光谱分析，我们还能否通过晶体中二聚体的偶极矩与偶极矩中心连线的夹角来判断。这个偶极矩是激发态的偶极矩，这个我是通过计算获得的。

推荐一篇1965年的文献给您。我相信看完这篇文献你就大致懂了。

Kasha, M.; Rawls, H. R.; El-Bayoum, M. A. The Exciton Model in MolecularSpectroscopy. Pure. Appl. Chem. 1965, 11, 371-392.

三石草祭

mathsfigher 发表于 2016-7-22 00:47
前段时间一直在考虑这个问题，忘了回复了。

由于我的分子属于D-A-D型共轭结构，分子内的ICT效应会严重 ...

好的，谢谢，我对pi-pi堆积了解的不多，您说的通过偶极矩的夹角判断有什么依据吗？具体的判断方法是怎么的呢？

mathsfigher

三石草祭 发表于 2016-7-22 09:59
好的，谢谢，我对pi-pi堆积了解的不多，您说的通过偶极矩的夹角判断有什么依据吗？具体的判断方法是怎么 ...

我说的并不是pi-pi堆积，而是分子的聚集类型，具体判断是需要分几种情况的，具体可以看我推荐给您的文献。里面都说得非常清楚。

Nymeria

三石草祭 发表于 2016-7-7 15:22
拿两个苯环举例吧，正对着就是H二聚体，错开就是J聚集体，两者垂直是X聚集体，通过光谱我认为是可以看的 ...

请问stake位移是？它和storkes位移有联系吗？