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[GROMACS] GROMACS计算组间相互作用能的疑问

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楼主
老师好,请问用GROMACS计算定义了能量组的相互作用能时,分子间相互作用能可以在37#以后的选项中选择。但这些只有近程部分,远程部分该如何考虑?



我的理解是远程部分是列表中Disper.-corr.项,那么这远程的部分该怎样分解为分子内、分子间两部分贡献呢?





体系有pbc周期边界条件,columb和vdw的计算方式均为cut-off,截断距离都是1.0nm。


先提前感谢老师们的解答!




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发表于 Post on 2020-6-28 23:58:24 | 只看该作者 Only view this author
Disper.-corr.项对应于色散校正对能量的影响,这部分没法进行分解。在分解讨论的时候无视掉
要分清楚cut-off和PME,倘若你真是用cut-off(简单截断方法)算静电作用,距离才设1 nm,动力学行为可能严重错误,因为更远距离的静电作用被完全无视掉了,然而静电作用随距离收敛是很慢的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-29 14:33:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-28 23:58
Disper.-corr.项对应于色散校正对能量的影响,这部分没法进行分解。在分解讨论的时候无视掉
要分清楚cut-o ...

感谢老师的回答!

mdp文件的静电、vdw这部分输入参数是
pbc = xyz                 
cutoff-scheme = Verlet   
coulombtype   = PME      
rcoulomb      = 1.0      
vdwtype       = cut-off   
rvdw          = 1.0      
DispCorr      = EnerPres  

前面我忘记说清楚了,我在分析轨迹的时候,用的是PME计算静电作用。在能量分解rerun了一次,把PME改成了cut-off,截断距离保持不变,这样可以吗?

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发表于 Post on 2020-6-29 14:51:58 | 只看该作者 Only view this author
高朋满座 发表于 2020-6-29 14:33
感谢老师的回答!

mdp文件的静电、vdw这部分输入参数是

rerun重跑轨迹的时候,应当把coulombtype改为cut-off,同时加大rcoulomb的值

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-29 15:39:20 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-6-29 14:51
rerun重跑轨迹的时候,应当把coulombtype改为cut-off,同时加大rcoulomb的值

感谢老师,增加rcoulomb要增大到多少呢,我的盒子边长不到6nm,最大也不能超过一半吧

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发表于 Post on 2020-6-29 18:00:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jimulation 于 2020-6-30 10:39 编辑
高朋满座 发表于 2020-6-29 15:39
感谢老师,增加rcoulomb要增大到多少呢,我的盒子边长不到6nm,最大也不能超过一半吧

可以参考下此帖 http://bbs.keinsci.com/thread-13147-1-1.html。rcoulomb和rvdw尽量大,不超过最短边的一半就行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-29 23:37:56 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-6-29 18:00
可以参考下此帖 http://bbs.keinsci.com/thread-13147-1-1.html。rcoulomb和rdvw尽量大,不超过最短边的 ...

谢谢您指点!

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发表于 Post on 2020-6-30 08:30:18 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-1-6 22:41:50 | 只看该作者 Only view this author
您好,想要请教一下,不同组分之间的相互作用大小如何进行比较分析呢?

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发表于 Post on 2021-1-16 08:40:32 | 只看该作者 Only view this author
WUXIAOWEN 发表于 2021-1-6 22:41
您好,想要请教一下,不同组分之间的相互作用大小如何进行比较分析呢?

没细节没法说
原理上作用能可以直接比,如果涉及到分子数目不同的问题,必要时除以分子对数
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发表于 Post on 2021-1-17 22:58:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-16 08:40
没细节没法说
原理上作用能可以直接比,如果涉及到分子数目不同的问题,必要时除以分子对数

感谢老师的回复

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发表于 Post on 2025-3-4 10:11:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-16 08:40
没细节没法说
原理上作用能可以直接比,如果涉及到分子数目不同的问题,必要时除以分子对数

您好,sob老师,可以详细解释一下什么是分子对数吗?我做的体系是萃取剂萃取水中的有机物,比如说萃取剂有200个,有机物只有5个,萃取剂和有机物之间的分子对数应该怎么算呢?谢谢sob老师了,感谢!

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发表于 Post on 2025-3-4 16:59:53 | 只看该作者 Only view this author
blue11 发表于 2025-3-4 10:11
您好,sob老师,可以详细解释一下什么是分子对数吗?我做的体系是萃取剂萃取水中的有机物,比如说萃取剂 ...

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