cp2k7.1安装中遇到的几个问题

pwzhou

wanlichuan 发表于 2020-5-25 19:19
谢谢您的回复。也看过这个文件（见附件），里面有很多信息，一头雾水，不知道怎么解决。

zpotrf_omp_gen.f:(.text+0x15d): undefined reference to `mkl_lapack_xzpotrf'
/home/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.a(dpotrf_seq.o): In function `mkl_lapack_dpotrf':

最后的报错信息全部是关于Intel MKL库的，应该是Intel MKL的编译参数没选对。根据上面这个提示，大概是这样的，你编译elpa的时候是选择了openmp并行的，但是你链接的Intel的数学库是libmkl_sequential.a，这个库文件是串行的，不支持openmp，intel MKL支持openmp的库文件是libmkl_intel_thread.a
使用32位整数，openmp并行的时候，且静态链接MKL的编译参数如下：
-Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -lm -ldl
这些编译参数可以从Intel的如下网站直接获得：
https://software.intel.com/conte ... k-line-advisor.html

pwzhou

pwzhou 发表于 2020-5-25 23:47
zpotrf_omp_gen.f:(.text+0x15d): undefined reference to `mkl_lapack_xzpotrf'
/home/intel/compilers ...

不过你既然是自动安装，那很可能你的Intel MKL的环境有点小问题

wanlichuan

pwzhou 发表于 2020-5-25 23:50
不过你既然是自动安装，那很可能你的Intel MKL的环境有点小问题

pwzhou老师您好。谢谢您的分析和建议。我后来尝试过重新从头安装不同版本的虚拟机（如CentOS7.6，7.8， Ubuntu18.04，20.04），也试了Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Update_1、Update_3和GNU编译器，最终都是有一个模块通不过。多数情况是先装好编译器和OpenMPI，然后自动安装，最后手动安装失败的模块。现在实在是没辙了。先放一放，学习一段时间再回头弄。

raolixiang

可以看看这个

raolixiang

看看和API有没有关系

yoghurt117

我也是出现了Non-zero exit code detected的问题，不只是elpa，其它好像libxsmm也是这个问题，我用的fedora30,32都试了，不知道怎么回事，后来没办法换回scientific linux6.5,老版本的linux没出这个问题。
总之，cp2k就是各种报错，安装不起来。