计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7765|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 进行结构优化时迭代没几步所有原子都变成了同一种原子

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

【求助】进行结构优化时迭代没几步所有原子都变成了同一种原子,也没有报错,这是为什么呢?下面是我的INCAR
ISTART=0
ENCUT=500
ISIF=2
PREC=Medium
GGA=91
EDIFF=1E-06
EDIFFG=-0.02
ALGO = FAST
ISMEAR = 1 ;
SIGMA = 0.18
ICHARG = 2
ISYM=0
NSW =600;
IBRION = 1
POTIM = 0.1
LREAL=.TRUE.

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 09:14:50 | 只看该作者 Only view this author
这是优化几步后从CONTCAR导出的结构。

3754

帖子

3

威望

1万

eV
积分
19678

Level 6 (一方通行)

围观吃瓜群众

3#
发表于 Post on 2020-3-7 11:11:51 | 只看该作者 Only view this author
一个头大 发表于 2020-3-7 09:14
这是优化几步后从CONTCAR导出的结构。

可以把CONTCAR发来看看,估计是CONTCAR没写元素方面的信息引起的。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 13:42:23 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-3-7 11:11
可以把CONTCAR发来看看,估计是CONTCAR没写元素方面的信息引起的。

这是CONTCAR,四种元素
7.2                                    
   1.0000000000000000     
    14.6438999176000006    0.0000000000000000    0.0000000000000000
    -7.2399940656000004   12.7244683969000008    0.0000000000000000
    -0.1884883465000000   -0.1174169341000000   13.8371177594999999
  64   8   2   6
Direct
  0.2774412871931194  0.5559943653349042  0.0934406245686342
  0.2185142098885281  0.4432265447583957  0.0901044138659219
  0.2636507868833429  0.3776246848729560  0.1056690674363281
  0.2121342434128189  0.2723887508679063  0.0722365966953930
  0.2675394327564147  0.2167166856803351  0.0729069306182852
  0.3726722411913892  0.2681851526289319  0.1072133023467818
  0.4387089002883588  0.2233102687531084  0.0928870665520941
  0.5518310663099079  0.2817864397614494  0.0971038825224656
  0.2164244522214703  0.1093699261068608  0.0491783628496259
  0.2738320032123975  0.0553277363748991  0.0551699840700465
  0.3846308861650561  0.1126710847397734  0.0712814644188599
  0.4399029915514046  0.0562442809864650  0.0689322639213091
  0.5508531663057680  0.1129370887449336  0.0718106516132880
  0.6058164098607036  0.2244846101147548  0.0802907247235549
  0.7152547477206845  0.4452232265596971  0.0961909165384630
  0.7736757065647518  0.5581699095456362  0.0906536702137577
  0.7290533656921233  0.6245161954140662  0.1036206996520923
  0.7169408390096209  0.2794635552002059  0.0751320009752419
  0.7721251406612046  0.3907431940895455  0.0799822981795717
  0.6064568956909194  0.0567573002036564  0.0646360119183904
  0.7170300647079427  0.1126174905911127  0.0580758019896599
  0.7722106731119562  0.2238603441418054  0.0626696740811434
  0.1045524812516092  0.2213478174519233  0.0486147733472087
  0.0502738766689076  0.1112675236644741  0.0329139661541151
  0.1063089391184190  0.0552447532296181  0.0330072648881894
  0.1076516002080563  0.3892482448552188  0.0699478506978028
  0.0503553987297873  0.2785461727267890  0.0545551377734037
  0.2199050199210825  0.6103765677443017  0.0786495260784321
  0.1082077850153122  0.5555206261760597  0.0714363812895841
  0.0513265153484400  0.4445715709871283  0.0684293068916942
  0.7795584504539027  0.7286760167632212  0.0692396096413995
  0.7238537028824598  0.7840659081232932  0.0682837307325499
  0.6194867732210522  0.7333945456662575  0.1014053479969009
  0.5534787403286139  0.7782529344563205  0.0871868700967512
  0.4409476316551401  0.7194529986977083  0.0921769489753650
  0.3861504849506953  0.7766615082198195  0.0780531469525354
  0.2748865703746635  0.7215363746909736  0.0738679778016123
  0.2191452761783944  0.7770120509136392  0.0622879362958723
  0.1078414986759103  0.7218301975807127  0.0583214766666846
  0.0519415919711205  0.6112093379522782  0.0651845622206625
  0.4408423519139232  0.8881928842127621  0.0706130067570090
  0.3849985888967374  0.9443536550516731  0.0651496559040017
  0.2742247938096834  0.8882430184310948  0.0585101690352161
  0.6069501517885968  0.8886408109869268  0.0674872459568871
  0.5516480453989401  0.9449817003777357  0.0670051915476303
  0.7744593361738430  0.8913112592866771  0.0458270016450407
  0.7172934659275495  0.9455421103589552  0.0522364134306141
  0.2187703540945662  0.9441020787280341  0.0488558879660538
  0.1073972049116142  0.8883105145373027  0.0400080505996164
  0.0518193221079477  0.7770835998460260  0.0481581242992965
  0.8865676602127152  0.7793805275231087  0.0466866014186717
  0.9403840400840872  0.8892719420065389  0.0315738205340633
  0.8843321246029605  0.9453180089354799  0.0314317255329601
  0.8837945139869656  0.6117009348964960  0.0696011348483439
  0.9407154931760935  0.7221136469288811  0.0534453546000303
  0.8834758732925758  0.4454941522959697  0.0717475684263644
  0.9401759216294597  0.5563917699279033  0.0684135156698403
  0.8833863473717405  0.2789349291479535  0.0587395106493805
  0.9394941723453512  0.3896864376781518  0.0654414482108532
  0.7722281129447981  0.0566899634653889  0.0477160147652134
  0.8833722343310457  0.1122690187882579  0.0399163860969124
  0.9391329710099042  0.2235252785493973  0.0487933601795939
  0.0515232691536001  0.9440539299635782  0.0305453069892839
  0.9390924595487625  0.0564873908494132  0.0304930000908042
  0.3522484150838489  0.4128699760043131  0.1593241454136133
  0.3858475869417163  0.6115661056982745  0.1082666772892434
  0.4076473088371890  0.3574233617492903  0.1593454242419751
  0.6410430713445991  0.5910169653984004  0.1554220743775694
  0.5858362799513098  0.6461979716659284  0.1546924909453806
  0.6078505622829776  0.3898331885204451  0.1139680909739969
  0.5689397178451745  0.4410563511751571  0.3248906802164412
  0.4545655664075144  0.5665533254273267  0.3299521936549211
  0.4509544357142908  0.5501407852451893  0.1870468244625859
  0.5430840766088556  0.4571200171078630  0.1847547441873486
  0.6126691694550785  0.5102348310151640  0.3622529288392806
  0.4700520007260761  0.6422591077614569  0.3399070329361055
  0.6123224309875304  0.4035456018112292  0.3272730296179245
  0.3819439894511853  0.5179309981439524  0.3575293599758537
  0.5021784397734484  0.3956753835658718  0.3631304068671097
  0.5083262335382671  0.5589725955933591  0.3722701939064537

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00

3754

帖子

3

威望

1万

eV
积分
19678

Level 6 (一方通行)

围观吃瓜群众

5#
发表于 Post on 2020-3-7 14:59:28 | 只看该作者 Only view this author
一个头大 发表于 2020-3-7 13:42
这是CONTCAR,四种元素
7.2                                    
   1.0000000000000000     

你看这行:
64   8   2   6

这个只写了不同元素的个数,元素名称被缺省了,但是对于VASP计算不碍事,因为VASP本身会根据POTCAR顺序来区分这些数字分别是哪些元素的个数,这样就能确定下面坐标所对应的原子是什么元素了。

所以,这个解决方案就是,手工把元素名称按POTCAR顺序写到CONTCAR那一行上面,然后VESTA就正常读取了。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 15:21:16 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-3-7 14:59
你看这行:

这个只写了不同元素的个数,元素名称被缺省了,但是对于VASP计算不碍事,因为VASP本身会根 ...

谢谢!可以正常读取图像了,但是结构优化无法正确进行,正确优化完成的结构CONTCAR也是这样,图像可以正确处理。所以就想问为什么出现这种情况,致使结构优化无法正确进行。

3754

帖子

3

威望

1万

eV
积分
19678

Level 6 (一方通行)

围观吃瓜群众

7#
发表于 Post on 2020-3-7 15:33:25 | 只看该作者 Only view this author
一个头大 发表于 2020-3-7 15:21
谢谢!可以正常读取图像了,但是结构优化无法正确进行,正确优化完成的结构CONTCAR也是这样,图像可以正 ...

给个错误信息的提示,我暂时没法判断错在哪。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 15:37:29 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-3-7 15:33
给个错误信息的提示,我暂时没法判断错在哪。

没有错误,平常正确结束的会在200步以内完成,出现这种情况的400多步依旧无法完成迭代。我是认为这个结构已经优化失败了,所以输出不了正确结构,一直找不到问题在哪儿

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 15:40:59 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-3-7 15:33
给个错误信息的提示,我暂时没法判断错在哪。

我又重新计算了一个之前优化成功的结构,这次出现了这种问题,会不会是VASP自身的问题?不是参数设置的问题。

3754

帖子

3

威望

1万

eV
积分
19678

Level 6 (一方通行)

围观吃瓜群众

10#
发表于 Post on 2020-3-7 16:12:05 | 只看该作者 Only view this author
一个头大 发表于 2020-3-7 15:40
我又重新计算了一个之前优化成功的结构,这次出现了这种问题,会不会是VASP自身的问题?不是参数设置的问 ...

你看一下CONTCAR结构没啥问题的话那可能不是这方面因素,检查一下能量计算的情况和每一步离子步是否SCF都顺利收敛,如果这些都没问题,应该试试IBRION=2,IBRION=1不推荐在结构不太好的时候使用。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

9

帖子

0

威望

131

eV
积分
140

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 17:38:42 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-3-7 16:12
你看一下CONTCAR结构没啥问题的话那可能不是这方面因素,检查一下能量计算的情况和每一步离子步是否SCF都 ...

好的,谢谢!我再试下。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 19:35 , Processed in 0.172993 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list