求助催化计算的框架选择

卡开发发

ghifi37 发表于 2020-3-9 19:31
请问如果直接采用PseudoDojo的psml赝势，应该不用测试了吧？文章里给了很详细的测试结果

SIESTA应该只是做了读取PSML格式的组件，但并未正式发放出来。

ghifi37

卡开发发 发表于 2020-3-9 19:40
SIESTA应该只是做了读取PSML格式的组件，但并未正式发放出来。

在Gitlab里有个Branch有PSML转换，除与PSML相关的代码外，其它代码更新是与master同步的。我用了一段时间感觉挺正常的，就是不知道直接用dojo赝势有没啥风险。

卡开发发

ghifi37 发表于 2020-3-9 19:47
在Gitlab里有个Branch有PSML转换，除与PSML相关的代码外，其它代码更新是与master同步的。我用了一段时间 ...

所以最好测试一下，看看会不会有什么比较怪异的情况，比如价电子数目定义在两种赝势不同（比如半芯态），或者个别赝势可能会出现截断半径过长，或者赝势直接迁移过来出现ghost states的问题，找一些小的体系可以和平面波的结果比较一下，程序不报错不表示算出来的结果一定可靠。

另外过渡态计算可以通过LUA控制，有人写了现成的LUA脚本，不过我这边安装LUA没测试成功；你也可以用ASE调用NEB或者用Gaussian调用SIESTA做过渡态。

ghifi37

卡开发发 发表于 2020-3-9 19:57
所以最好测试一下，看看会不会有什么比较怪异的情况，比如价电子数目定义在两种赝势不同（比如半芯态）， ...

也是，直接和pw的结果比较是最省事的办法，可惜VASP的结果我也觉得有点不靠谱。过渡态准备用ASE弄，毕竟这个好控制。LUA关于过渡态的项目没找到，能否告知下名称？我了解下性能如何，找过渡态太折腾了。
不知前辈用下来哪个程序找得快准？有没比较过TSASE和Gaussian的性能？

卡开发发

ghifi37 发表于 2020-3-10 14:56
也是，直接和pw的结果比较是最省事的办法，可惜VASP的结果我也觉得有点不靠谱。过渡态准备用ASE弄，毕竟 ...

LUA的部分在新版本的手册有提到，你可以看看。ASE我倒是没试过，手头服务器系统比较老，各种问题。
平面波比较没必要非得去比VASP，同样支持Dojo的还有Abinit吧，不过这玩意我很少用，基本上都是QE。

ghifi37

卡开发发 发表于 2020-3-10 16:55
LUA的部分在新版本的手册有提到，你可以看看。ASE我倒是没试过，手头服务器系统比较老，各种问题。
平面 ...

我在SIESTA里用Dojo的PBE赝势比较了现有的体系结果，当泛函用PBE时，差得还好，但当用RPBE泛函时，结果就有最大近100%的偏差了。计划生成RPBE的优化泛函，但不知道啥原因，Dojo的html格式数据一直下不下来，计划暂被搁置了。根据自己以往经验，PBE赝势和RPBE泛函搭配也不应该结果如此离谱，想请教下您关于此方面的经验？除了Dojo，SIESTA还能用其它ONCV赝势吗？

卡开发发

ghifi37 发表于 2020-4-7 22:03
我在SIESTA里用Dojo的PBE赝势比较了现有的体系结果，当泛函用PBE时，差得还好，但当用RPBE泛函时，结果就 ...

1、我不确定你的数据是实验值还是和平面波的结果去做的比较。
2、即便出现较大的偏差，也可能是基组没有经过优化引起的，看看增大基组是否会有一些改善。
3、其他ONCV理论上是可以使用的（比如SG15），不过也没办法确定是不是有什么bug。