求助20条链修改PDB文件的问题

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-8-23 20:28:41

老师好，我的体系中有20条相同结构的聚合物链，现在想，如何简单的修改PDB文件满足gromacs中使用，以前是从头到尾的修改，每一个残基，每一条链都修改，现在想，因为每条链都是相同的结构，我的初步想法是先修改一条链的PDB文件满足gromacs要求，然后再得到的top文件，再修改其中的【system】下将分子数改为20 如图
[ system ]
; Name
Protein

[ molecules ]
; Compound #mols
PS_chain_P 20

将完整体系的20条链都改成单独一条链的残基序号和链标识符，如果这个方法麻烦请问还有更简单的方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-23 22:16:12

就应该这么做

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[GROMACS] 求助20条链修改PDB文件的问题

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