做距离的自由能，如何固定一个group移动另一个？

xcandy · 发表于 Post on 2019-6-3 07:40:23

求助，用eABF做自由能计算，CV选的是两group的距离，正常是两个都会远离，想要固定一个移动另一个，可以直接在in文件里加fix还是constrict吗？这个会对结果造成影响吗？原理的问题不太懂。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-6-3 09:52:24

可以在in里面加harmonic restraint（约束距离和一个dummyatom相等），也可以用NAMD内置的constraint，约束本身不会造成eABF的结果错误，但是是否会造成影响要看你体系的实际情况

xcandy · 发表于 Post on 2019-6-3 12:52:22

fhh2626 发表于 2019-6-3 09:52
可以在in里面加harmonic restraint（约束距离和一个dummyatom相等），也可以用NAMD内置的constraint，约束 ...

谢谢付博，还有一个问题，window和bin的选择对于pmf曲线精度来说，哪个密点好？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-6-3 16:33:19

xcandy 发表于 2019-6-3 12:52
谢谢付博，还有一个问题，window和bin的选择对于pmf曲线精度来说，哪个密点好？

窗口越小收敛的越快，但是小窗口可能会造成正交空间(没有选作反应坐标的方向)采样，建议如果不是太复杂的情况，分三五个窗口就行了，简单的情况甚至可以采用单窗口

bin宽度决定PMF的精度，太大了PMF曲线上的点就少了，精度不够，太小了的话需要的采样量大。我一般距离用0.1到0.2埃，角度用2-5度

xcandy · 发表于 Post on 2019-6-3 17:02:53

fhh2626 发表于 2019-6-3 16:33
窗口越小收敛的越快，但是小窗口可能会造成正交空间(没有选作反应坐标的方向)采样，建议如果不是太复杂的 ...

正交空间的采样并不会对精确度产生的影响，但是效率会很低对吗？

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