pdb2gmx的时候提示在拓扑数据库中找不到残基类型

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-3-2 20:23:35

各位老师我在用Gromacs中的pdb2gmx将一个简单的甲烷分子的pdb文件转化时，总是提示在拓扑数据库中找不到残基类型，怎么解决呢？甲烷的pdb文件和修改的rtp文件如下，我是参考https://www.jianshu.com/p/3b542abe0c69做的

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-3-2 20:48:44

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-3-2 21:35:32

fhh2626 发表于 2019-3-2 20:48
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

我是在Materias Studio里建好水合物盒子（比较规则的固体，用MS比较好建）和水溶液盒子，导出pdb文件，在packmol里合成一个整体（水合物固体在左，水溶液在右）的pdb文件，但是在用pdb2gmx转化的时候，出了这个问题，好像oplsaa力场里没有甲烷，百度自己加，还是不行。您提供的网站好像也不能生成.gro文件吧？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-3 00:20:26

本来你这个问题就根本不应该用pdb2gmx，这是适合给蛋白质、DNA、聚合物那种多个单体聚合而成的体系产生拓扑信息用的。劝你别看那个教程，没有什么参考价值。

直接利用2L提到的工具，直接就能得到itp文件。然后编辑top，恰当地include进去就完了。

产生gro文件直接用VMD载入pdb然后保存成gro就完了，更何况gmx editconf也可以用来转格式。而且grompp本来也可以用pdb格式作为输入文件，转换其实都是不必要的。你把简单问题完全搞复杂了。

百毒什么的早点弃了吧，害人不浅。搜索学术内容只能用google

wasngsimin · 发表于 Post on 2019-3-3 08:19:25

sobereva 发表于 2019-3-3 00:20
本来你这个问题就根本不应该用pdb2gmx，这是适合给蛋白质、DNA、聚合物那种多个单体聚合而成的体系产生拓扑 ...

好的好的，我看懂您的意思了，谢谢sob老师！

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