Amber+Gaussian跑Molecular dynamics时出错

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-4 20:57:03

我建的BOX为50埃，跑动力学时CUT设为9999，然而跑动力学时，提示系统已经超出了虚拟盒子的范围，我需要怎么改md.in文件，请老师指点迷津，下面分别为输入和输出文件

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-4 21:00:15

Frac coord min, max: 1.520452920200506E-002 1.00193751722515
The system has extended beyond
the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
a new virtual box with 30 Angstroms
extra on each side, if there is a
restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error
"md.out" 1391L, 75614C

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-4 21:00:55

16whzhengdn 发表于 2018-6-4 21:00
Frac coord min, max: 1.520452920200506E-002 1.00193751722515
The system has extended beyond
...

老师，这个是md.out报错部分

njfuzjs · 发表于 Post on 2018-6-4 21:54:00

你用的方法和基组有点烂啊

njfuzjs · 发表于 Post on 2018-6-4 21:56:11

按照报错的提示，似乎需要读取restart文件继续跑

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-5 06:31:30

盒子才50埃，为何CUT设那么大？体系是周期性的还是孤立的？

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-5 08:58:18

sobereva 发表于 2018-6-5 06:31
盒子才50埃，为何CUT设那么大？体系是周期性的还是孤立的？

老师，体系是非周期性，我以为不考虑周期性边界条件，设成9999就行了呢，那现在我需要怎么改动一下呢？

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-5 08:59:25

njfuzjs 发表于 2018-6-4 21:54
你用的方法和基组有点烂啊

我用的是最简单的，先跑通之后再调整相关参数

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-5 09:01:25

njfuzjs 发表于 2018-6-4 21:56
按照报错的提示，似乎需要读取restart文件继续跑

但是提醒的The system has extended beyond the extent of the virtual box.总觉得是CUT设置的问题，但又不敢乱改

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2018-6-9 16:35:03

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/index.htm 楼主也是看了amber官网的这个教程跑QM/MM MD 的吗？现在能跑起来了么

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-6-9 16:40:04

lijiayisjtu 发表于 2018-6-9 16:35
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/index.htm 楼主也是看了amber官网的这个教程跑QM/MM MD ...

不是这个教程，是http://blog.sina.com.cn/s/blog_3de5cbed0102w42z.html，还没跑通

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