默认的组里面backbone和MOL分别对应蛋白骨架原子和配体所有原子，如果你要得到“骨架+配体”的RMSD，必须利用make_ndx工具生成一个把backbone和MOL合并的组，假设叫backbone_MOL。

RMSD分析界面第一个让你选择使轨迹对哪个组来消除平动和转动（即对哪个组做Align），第二个让你选择输出哪个组的RMSD。因此第一步选backbone_MOL，第二步时候，如果选backbone_MOL给出的就是蛋白质骨架+配体的RMSD，如果选MOL就是配体的RMSD。