计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

金属表面小分子吸附

查看数: 13184 | 评论数: 14 | 收藏 Add to favorites 2
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2017-5-9 09:29

正文摘要:

我想做银表面NH3分子的吸附,经论坛里前辈指点,打算使用MS构建模型然后使用Castep进行结构优化及红外振动计算。现有如下问题,特来求教:1、现在Ag(111)切好以后不知道如何构建NH3分子,以及如何放到Ag(111)表 ...

回复 Reply

一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-11 02:25:10
hakuna 发表于 2017-5-10 21:43
我指的是NH3相对于表面的方式

恩,计算发现hollow site 的可能性更大,我的NH3放在了这个位置。谢谢提醒。
hakuna 发表于 Post on 2017-5-10 21:43:30
一心搞科研 发表于 2017-5-9 22:37
我不是随便放的,我是先建好NH3分子模型,然后用吸附工具计算,这个是计算结果Ag(111) Adsorption Anneal ...

我指的是NH3相对于表面的方式

nh3.jpg (28.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

nh3.jpg

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
卡开发发 + 2 LZ力场估计的结果显然不可靠

查看全部评分 View all ratings

一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-9 22:37:57
hakuna 发表于 2017-5-9 17:48
NH3不要随意放里面,金属表面上,NH3的吸附是通过N上孤对实现的

我不是随便放的,我是先建好NH3分子模型,然后用吸附工具计算,这个是计算结果Ag(111) Adsorption Anneal中的文件,请问这样可以吗?
一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-9 22:33:02
ggdh 发表于 2017-5-9 14:05
你这个有点大。建议你先弄2层银先算一遍试试。把流程走一遍。然后再把Ag层加厚

是啊,我是那样就直接放进去算了,结果算了半天了还没结束。
hakuna 发表于 Post on 2017-5-9 17:48:10
一心搞科研 发表于 2017-5-9 13:51
谢谢大神,已经用MS建好模型了,
麻烦老师看一下这样能否继续用Castep计算红外振动?

NH3不要随意放里面,金属表面上,NH3的吸附是通过N上孤对实现的

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

ggdh 发表于 Post on 2017-5-9 14:05:39
你这个有点大。建议你先弄2层银先算一遍试试。把流程走一遍。然后再把Ag层加厚

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-9 13:47:01
zyj19831206 发表于 2017-5-9 12:18
1.其实你重新打开一个新文件,画出NH3分子,复制粘贴进Ag111表面也是可以的,距离控制可以通过MS上面的距离 ...

好的,谢谢,我用了吸附工具把NH3导进去了。高斯算的是慢,都十几个小时了还没动静。
一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-9 13:45:46
灰白白白白 发表于 2017-5-9 10:47
我是这样做的,直接画一个NH3分子,然后Build Crystal-Rebuild Crystal。
吸附的话,选金属文件,点吸附工 ...

谢谢,很受启发。
一心搞科研 发表于 Post on 2017-5-9 13:44:50
raitoliu 发表于 2017-5-9 10:10
1. 先从自己预先构想的吸附点拉出一个Ag-N键。 这个是MS的软件操作上的问题。然后再把3个H画出来,这个距离 ...

好的,谢谢你。
sobereva 发表于 Post on 2017-5-9 12:34:52
切出一个表面团簇模型用于研究吸附,在高斯里计算是完全可以的,很常见,比如DFT-D3的原文里就有相应模型。但是如果你想当成二维周期性体系在高斯里做PBC计算,原子数稍微一多就会很吃力,而且功能限制很大,还不如用团簇模型研究。
zyj19831206 发表于 Post on 2017-5-9 12:18:09
1.其实你重新打开一个新文件,画出NH3分子,复制粘贴进Ag111表面也是可以的,距离控制可以通过MS上面的距离按钮。
2.这种有晶面的计算最好还是用CASTEP和VASP这种第一性原理的软件,gv跑这种晶体类的结构速度非常慢。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

灰白白白白 发表于 Post on 2017-5-9 10:47:52
我是这样做的,直接画一个NH3分子,然后Build Crystal-Rebuild Crystal。
吸附的话,选金属文件,点吸附工具就好了。
raitoliu 发表于 Post on 2017-5-9 10:10:32
1. 先从自己预先构想的吸附点拉出一个Ag-N键。 这个是MS的软件操作上的问题。然后再把3个H画出来,这个距离没有确定的。Ag-N可以参考文献。取个接近值再去优化。用直接输坐标的话感觉很困难。坐标输入还是在特殊情况下用。
2. 没用过高斯算过。sob在基础量化培训班的周期性计算也只是提了一下,主流的还是用VASP CASTEP算。

ps:用VASP的话记得用个编译器把坐标顺序和贗势对齐。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 10:44 , Processed in 0.279965 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list