求助：利用sobtop生成分子itp文件，真空下模拟能量最小化不收敛

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发布时间: 2025-4-10 17:53

各位老师好，我想计算电解液体系中锂离子周围溶质分子分布的RDF/CN，其中有一种溶质分子是DFEC:双氟碳酸乙烯酯（cas：311810-76-1），利用g16做了分子的优化+振动分析，借助sobtop生成了itp文件，想要检验拓扑文件的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-11 14:23:41

芮啦发表于 2025-4-11 09:25
谢谢sob老师，我最开始是根据例2（不基于Hessian算力场参数），但是NVT会报错，排查了各个分子，发现是DF ...

用GAFF描述这个不会有什么问题，成键方式很普通
刻意用DRIH还可能更糟

芮啦 发表于 Post on 2025-4-11 09:25:36

sobereva 发表于 2025-4-11 01:43
连个error甚至warning都没有，怎么想到报错了？
并且sobtop主页里我使劲强调了，普通有机体系应当直接用GA ...

谢谢sob老师，我最开始是根据例2（不基于Hessian算力场参数），但是NVT会报错，排查了各个分子，发现是DFEC 分子的问题，所以又重新根据例1来算了力场参数

芮啦 发表于 Post on 2025-4-11 09:17:49

pal 发表于 2025-4-10 19:22
这个哪里报错了，不是正常结束了

谢谢老师，因为看到势能是2.3581814e+03，所以想着是有问题

sobereva 发表于 Post on 2025-4-11 01:43:29

连个error甚至warning都没有，怎么想到报错了？
并且sobtop主页里我使劲强调了，普通有机体系应当直接用GAFF的参数，甭基于Hessian算力场参数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

pal 发表于 Post on 2025-4-10 19:22:37

这个哪里报错了，不是正常结束了

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