想请教一下大佬们，非平衡动力学，gromacs的恒压驱替和恒速驱替怎么写mdp？

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发布时间: 2025-3-7 20:52

NEMD，非平衡动力学，恒压驱替是指给碳板金板等一个恒外力吗？恒速驱替就是一个恒速度是吗？mdp文件怎么写呢？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-3-10 22:51:55

sssyyuan 发表于 2025-3-10 14:35
谢谢sob老师的回复，英文单词是flooding，就是通过给定一定的力或者速度，使得某一部分如（碳板、金板） ...

常外力参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

培训里的“金属的模拟”部分有pull用法的完整讲解和丰富的例子，包括实现常速度

sssyyuan 发表于 Post on 2025-3-10 17:58:50

cupb_co2 发表于 2025-3-10 14:51
楼主可以分享一下这个文章嘛，我用lmp做这个的可以轻松实现最近在学gro，想看看这个文章

https://www.sciencedirect.com/sc ... 03?via%3Dihub#f0005

Mechanism of enhanced oil recovery via carbon dioxide flooding in kerogen nanopores: A molecular dynamics approach

cupb_co2 发表于 Post on 2025-3-10 14:51:27

楼主可以分享一下这个文章嘛，我用lmp做这个的可以轻松实现最近在学gro，想看看这个文章

sobereva 发表于 Post on 2025-3-8 23:51:46

我不清楚驱替的含义，建议给出英文原词，如果就是外力挤压驱使某个部分移动的话，你说的做法可以，通过在gromacs里用pull设置能实现，写法取决于具体体系

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