想要维持团簇结构运动过程可以形变，但是不跑散

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sdf

发布时间: 2024-11-20 10:52

请问各位老师同学，我是想研究氮气团簇在基底的吸附，基底为石墨表面加含氧基团，水分子充满剩余部分，其中itp文件是用sobtop生成的，如下图所示。请问各位老师同学，这个情况我应该怎么处理，或者我应该添加什么 ...

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进击的土豆 发表于 Post on 2025-3-20 21:40:14

您气泡跑散的问题解决了吗

sobereva 发表于 Post on 2024-11-20 11:21:55

仔细看原文的计算细节，弄清楚文中用的什么力场
诸如N2都有专门的参数可用，如TraPPE-small力场，不适合sobtop等通用的拓扑文件产生工具生成
并且仔细看原文（包括SI）了解具体模拟细节，如温度、压力、是否有限制势等等

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