遇到这样的能量最小化问题，应该如何解决？

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Lym

发布时间: 2024-7-3 17:21

本帖最后由 Lym 于 2024-7-3 17:22 编辑当前，我将纳米颗粒通过VMD操作，将其移动到已经平衡好的磷脂膜中央，结构如下：我已经按照报错说明，将nstlist由20增加到80，1. 请问我应该是继续增加nstlist呢？ ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-7-3 19:58:52

记得借助VMD的选择语句把距离纳米颗粒过近的分子在保存新的结构文件时都扣除掉，避免出现严重不合理的接触
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

低调的板凳 发表于 Post on 2024-7-3 17:40:16

你这没有删除干净有空间冲突的磷脂分子吧。。。

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