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DPD 模拟就只能是数密度为3，用nvt体系吗？不能换密度或者npt吗？真诚想知道答案啊 感谢感谢啊 |
LYL941 发表于 2022-1-23 12:49 怎么加入群 我也想加入  |
LYL941 发表于 2022-1-23 12:49 当然可以 |
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46 您好，我昨天没叙述清楚，我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构，不知道使用GROMACS能否模拟的出来？另外我申请加入3群了，麻烦您通过一下吧  |
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46 您好，我的等级低无法私聊您发消息，不知道能否给我一个QQ、微信或者手机号的联系方式？我想向您请教一下关于MS和GROMACS做高分子聚合模拟的问题。 |
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46 谢谢社长推荐！  |
| 现身说法：当初放弃M$，转入gromacs，是我学术生涯中最正确的一次选择。 |
| 参与人数Participants 3 | eV +7 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | |
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| + 1 | 我很赞同 |
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跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举，精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾，到时候还得花很多钱买M$，还容易遭质疑，到时候还极有可能被审稿人质问干嘛不用全原子力场跑。 如果是参考的老文章，趁早扔了，当年拿粗糙、经验性很强的DPD跑的模拟如今靠GPU加速全原子或联合原子力场跑起来都没有难度。 而且就算最后要跑有大量聚合物的很大体系，真的全原子跑着太费劲，还可以用粗粒化力场（如MARTINI力场，在GROMACS里跑聚合物的例子http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5/martini-tutorials-polymers-gmx5），参数弄到GROMACS里直接就能用。就算退一万步，必须用DPD，那也应该优先考虑用比如主流且免费的lammps的DPD功能。不管从什么角度看，也轮不到用M$那个又贵又慢又极度非主流的DPD模块。 |
| 参与人数Participants 2 | eV +8 | 收起 理由Reason |
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| + 3 | 谢谢 |
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| C:\Users\Administrator\DesktopC:\Users\Administrator\Desktop这是模拟前后模型的状态 |
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说清楚具体什么程序，以及到底做什么的模拟 M$用DPD跑得动的东西换成免费的gromacs在GPU加速下全原子（或联合原子）都可能跑得动，没绝对必要甭用DPD |
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