本帖最后由 sai77 于 2021-11-10 13:45 编辑 但肖 发表于 2021-9-21 11:34 旋转能垒一般需要30 kcal/mol以上才能形成稳定的轴手性，半衰期以月甚至年计；20-30 kcal/mol的轴手性不稳定，室温下几天甚至几个小时就消旋了。 ref to: ChemMedChem 2011, 6, 505 – 513 |
ahxb 发表于 2021-8-14 11:00 轴手性需要活化能大还是小啊？太小了或者是太大了是不是就没有轴手性啊？ |
sobereva 发表于 2021-8-13 23:00 老师，扫描二面角后，发现下面碘在五元环和苯环下面能量都比较高（在苯环下面能量最高），做了一个过渡态初猜，优化出来后感觉都是下面苯环在左右振动，做了irc，都能跑出来（碘在苯环这边irc容易报错），但是曲线很不平滑，曲线上某些点还是五元环上甲基在振动，算了一下△G，从五元环这边转过去大概是15Kcal/mol，从苯环转过去大约30Kcal/mol，这种我怎么确定过渡态到底是哪种？如果要有轴手性，这个△G应该是多少啊？ |
sobereva 发表于 2021-8-31 13:37 老师，非常抱歉哈，我以为删掉了，结果没有删掉。 |
但肖 发表于 2021-8-31 09:02 甭写5d、noraman这些垃圾关键词，仔细看 常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词 http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html） 本来genecp和def2-SVP都是默认5d还写它干嘛 前面用genecp，后头用def2-SVP，根本不对应，IRC哪能这么跑。仔细看此文了解基本知识 在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html） IRC成功跑完后分别冲着反应物和产物走显然就是想要的过渡态 |
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发帖之后仔细检查自己的帖子 发个C:\Users\XY666\Desktop叫怎么回事。仔细看置顶的新社员必读贴了解发帖规则 |
sobereva 发表于 2021-8-13 23:00 C:\Users\XY666\Desktop |
sobereva 发表于 2021-8-13 23:00 老师，我把能量最高点提出来，然后用这个命令# opt(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp 5d freq=noraman scrf(smd,read,solv=Chloroform)，得到一个虚频的结构，把这个结构提出来用# b3lyp def2svp 5d irc(calcfc,LQA,maxpoints=200,stepsize=5)做了一个IRC,我怎么确定这就是我要的过渡态啊？ |
ahxb 发表于 2021-8-14 11:00 好呢，谢谢你哦。  |
但肖 发表于 2021-8-14 09:39 是的，尽量选择分子骨架上的二面角，在这个分子里选择哪个二面角没有区别。注意你这分子中二面角的两个变化方向都是可能的，要算出两个变化方向上的过渡态，然后比较活化能和速率常数 其实这种大小的有机分子做柔性扫描总可以试试pm6d3，在自己的笔记本电脑上五分钟就能出结果，不行再想别的办法 |
sobereva 发表于 2021-8-13 23:00 那我是选择以C-N键为轴的一个二面角吗？如果是的话，二面角的选择会影响扫描的结果吗？ |
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做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜 参考 详谈使用Gaussian做势能面扫描 http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html） 简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3 http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html） |
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