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如何书写VASP或其他分子动力学计算中逐步添加原子的脚本

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发布时间: 2020-8-20 09:21

正文摘要:

大家好,一般在做分子动力学的时候,大家一般都是将所有分子都放在初始模型中,然后开始跑MD。那么如何做到在搭建的初始模型下,在跑MD的过程中逐布添加原子,比如实现石墨的生长机理的探究,我需要在跑MD的过程中逐 ...

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万里云 发表于 Post on 2020-8-20 11:17:49
Jaydu1996 发表于 2020-8-20 10:34
ASE跑的性能怎么样呢?感觉没见过用它跑分子动力学,虽然知道ASE的功能很强大。

ASE MD模块支持的系综不少。AIMD计算量都在原子受力上了,更新原子坐标和速度耗时几乎可以忽略不计。

问题就在于,如果不是用它的GPAW算原子受力,每算一步都要重新启动VASP,会浪费不少时间。不知道现在这个特性有改进没有。
Jaydu1996 发表于 Post on 2020-8-20 10:34:02
万里云 发表于 2020-8-20 10:26
一个解决方案:

用ASE中的MD模块跑分子动力学,VASP只负责计算原子受力。在ASE中加原子很简单的。

ASE跑的性能怎么样呢?感觉没见过用它跑分子动力学,虽然知道ASE的功能很强大。
万里云 发表于 Post on 2020-8-20 10:26:31
一个解决方案:

用ASE中的MD模块跑分子动力学,VASP只负责计算原子受力。在ASE中加原子很简单的。

PS:模拟石墨烯生长用KMC算法的多。

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