阿di达思 发表于 2019-7-27 15:54
您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。

大佬您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？请问可以共享一下力场文件吗。

发现github上有成品

https://github.com/thomasunderwood/ClayFF

chieko 发表于 2023-1-10 23:21
Advances in Clayff Molecular Simulation of Layered and Nanoporous Materials and Their Aqueous Interf ...

多谢！

Advances in Clayff Molecular Simulation of Layered and Nanoporous Materials and Their Aqueous Interfaces, J. Phys. Chem. C 2021, 125, 32, 17573–17589
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcc.1c04600
关于CLAYFF力场的综述，SI里面有CLAYFF和gmx单位转化的详细过程和gromacs力场文件。

KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...

您好，请问可以分享一下原作者的毕业论文吗？

KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...

我说原子类型咋那么少，看着不对劲，我也看看原文去

tjuptz 发表于 2019-7-29 19:00
谢谢，期待您的分享~

原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的体系补充下就可以了。继续交流哈

KnightWE 发表于 2019-7-29 18:47
作者似乎是根据他自己的体系做了一定的修正（有个0.89倍的系数），总体来说没问题，我给作者发了邮件还没 ...

谢谢，期待您的分享~

tjuptz 发表于 2019-7-29 16:34
您好，我在https://github.com/thomasunderwood/ClayFF/issues/1 上看到了您的提问，请问该力场文件跟原 ...

作者似乎是根据他自己的体系做了一定的修正（有个0.89倍的系数），总体来说没问题，我给作者发了邮件还没回。

我也是基于他之前的工作在写力场文件，这应该是我找到的唯一公开的比较有价值的参考了

KnightWE 发表于 2019-7-28 22:13
抱歉，还在尝试中，还存在一些问题。等弄完之后我会上传到github

您好，我在https://github.com/thomasunderwood/ClayFF/issues/1 上看到了您的提问，请问该力场文件跟原文相比是有问题吗？

阿di达思 发表于 2019-7-27 15:54
您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。

抱歉，还在尝试中，还存在一些问题。等弄完之后我会上传到github

ruanyang 发表于 2019-7-26 21:35
可以试试这个力场 https://bionanostructures.com/interface-md/

嗯嗯，等我把ClayFF搞懂之后我再去看下。感谢分享

同求

您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。