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楼主 Author: Aristotler
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[VASP] 径向分布函数求解配位数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-5 11:22:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Aristotler 于 2019-7-5 15:01 编辑
highlight 发表于 2019-7-5 09:01
有个问题啊,你既然用的是vmd,为啥要自己算积分呢?
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/gof ...

其实我不太会用径向分布函数求配位数的,当时还不知道怎么用VMD求配位数,你知道吗?学习一下

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发表于 Post on 2019-7-5 11:52:27 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2019-7-5 11:22
其实我不太会用径向分布函数求配位数的,但是还不知道怎么用VMD求配位数,你知道吗?学习一下

没多复杂吧,你按照 http://bbs.keinsci.com/thread-7508-1-1.html 10楼的方法做,输出就会多一列数值积分值,然后按照你的方法二找波谷读积分值就是了。
我的意思是,完全没必要自己算积分,程序已经给了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-5 15:00:21 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2019-7-5 11:52
没多复杂吧,你按照 http://bbs.keinsci.com/thread-7508-1-1.html 10楼的方法做,输出就会多一列数值积 ...

好的,明白了,非常感谢你

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 20:47:11 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2018-5-15 04:26
...你说的第二种方法用的也是第一种的公式...

我以前写过一个f90 code通过gmx的rdf输出算coordination n ...

想问您一下 peakhead, peaktail, total, boxlength, nip对应的是什么意思呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 21:33:46 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2018-5-15 04:26
...你说的第二种方法用的也是第一种的公式...

我以前写过一个f90 code通过gmx的rdf输出算coordination n ...

      open(10,file=rdffile,status='old') 请问这个是什么呢?我运行了一下报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-21 09:56:51 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2019-7-5 09:01
有个问题啊,你既然用的是vmd,为啥要自己算积分呢?
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/gof ...

计算质心间的配位数VMD实现不了

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发表于 Post on 2020-1-7 17:31:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-17 09:23
你在origin里增加一列,把g(r)乘上r^2转化成被积函数之后再用origin积分,然后再乘上前面的系数即可

请问sob老师,怎么转化成被积函数。

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发表于 Post on 2020-1-7 18:39:18 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2020-1-7 17:31
请问sob老师,怎么转化成被积函数。

你设定列的表达式,设成g(r)那一列的数据与相应的r那一列数据平方的乘积,就成了被积函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-1-7 19:42:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-7 18:39
你设定列的表达式,设成g(r)那一列的数据与相应的r那一列数据平方的乘积,就成了被积函数

谢谢sob老师,还有一个问题想向您请教,我计算A原子和B原子之间的配位数,那数密度怎么算?是A和B之间的相对密度还是A和B单独的体系密度。

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发表于 Post on 2020-1-7 19:55:08 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2020-1-7 19:42
谢谢sob老师,还有一个问题想向您请教,我计算A原子和B原子之间的配位数,那数密度怎么算?是A和B之间的 ...

还是对rdf积分得到
差异在于算rdf的时候谁是参考组是谁被计算的组
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发表于 Post on 2020-1-7 21:23:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-7 19:55
还是对rdf积分得到
差异在于算rdf的时候谁是参考组是谁被计算的组

我看书上写的是系统密度。您说的对RDF积分,origin里面结果是面积值;谁是参考组,谁是被计算的组意思是以谁为中心原子,谁是外层分布原子吗?

微信图片_20200107211946.jpg (194.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 97)

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发表于 Post on 2020-1-8 21:24:41 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2020-1-7 21:23
我看书上写的是系统密度。您说的对RDF积分,origin里面结果是面积值;谁是参考组,谁是被计算的组意思是 ...


参考组是-ref,被算的组是-sel

那应当叫“体系的密度”而不是“系统的密度”,那本书质量很差,大部分都是抄来的。
rho对应的是被计算的组在盒子中的密度

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发表于 Post on 2020-1-9 08:31:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-8 21:24

参考组是-ref,被算的组是-sel

感谢sob老师,那被计算的组在盒子中的密度是用被计算的组的个数除以体系的体积吗,密度单位是什么啊。

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发表于 Post on 2020-1-10 01:52:54 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2020-1-9 08:31
感谢sob老师,那被计算的组在盒子中的密度是用被计算的组的个数除以体系的体积吗,密度单位是什么啊。


密度显而易见
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发表于 Post on 2020-1-10 08:31:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-10 01:52

密度显而易见

谢谢老师。

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