如何得到两个组之间较近的原子及残基？

alystone · 发表于 Post on 2018-3-8 09:47:00

本帖最后由 alystone 于 2018-3-8 09:48 编辑

请问各位高手，片段1和片段2，我想得出随着时间的变化，两个组距离较近的原子或者残基，小于某个阈值，或者矩阵也可以，请问在Gromacs里或amber中如何实现？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-8 16:33:31

不清楚你的具体意思。
对某一时刻，两个片段间所有小于距离阈值的原子对的序号全都给出来？

自写VMD脚本分析很容易，不自己写的话，估计用gmx mindist应该足够实现你的目的。

alystone · 发表于 Post on 2018-3-9 07:48:14

sobereva 发表于 2018-3-8 16:33
不清楚你的具体意思。
对某一时刻，两个片段间所有小于距离阈值的原子对的序号全都给出来？

谢谢sob老师。

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[GROMACS] 如何得到两个组之间较近的原子及残基？