绘图求助：用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细？

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-3-14 08:12:51

sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本，在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

恩恩，请您再指点一下，周期镜像具体用 pbc wrap 进行加吗？谢谢您。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-14 12:16:41

不是用这个
我是指使用诸如genconf之类，把体系平移复制成超胞，这样中心盒子边缘的分子也能与周期镜像中的分子进行连接

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-3-20 09:56:16

sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本，在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连线。显示在盒子外不显示在盒子内。经验不足，请您再指点一下。非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-20 11:58:04

guoy14iccas 发表于 2018-3-20 09:56
sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连 ...

用gmx genconf在上下左右都平移复制一次，然后恰当使用连线脚本（可能需要修改），以及恰当设定显示方式和选取，加上适当ps，能得到图中效果

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-3-20 14:35:14

sobereva 发表于 2018-3-20 11:58
用gmx genconf在上下左右都平移复制一次，然后恰当使用连线脚本（可能需要修改），以及恰当设定显示方式 ...

谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次，然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉，是不是该用ps了？还是有其他方式显示方式，只显示一定范围内的。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-21 14:33:22

guoy14iccas 发表于 2018-3-20 14:35
谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次，然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉，是不是该用ps了？还是有 ...

默认就不显示盒子
可以通过选择语句（比如x>20 and x<40...），只把中心盒子对应区域内的原子显示出来

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[综合交流] 绘图求助：用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细？