计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

17116#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 16:04:57 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-11-17 16:01
请问各位老师,我基于相同结构用关键词PBE1PBE/genecp td(triplet,root) opt   freq优化了前五个三重激发态 ...

把此文看了
谈谈势能面交叉对激发态优化的影响
http://sobereva.com/468http://bbs.keinsci.com/thread-12318-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

17117#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 16:05:26 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2022-11-17 15:12
Sob老师您好,我在看一篇关于双铑体系的计算化学的文章,想通过文章里支持信息的笛卡尔坐标用高斯观看一下 ...

把第1、3列删了,其它部分写到gjf的坐标部分里就能用gview打开
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

17118#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 16:06:40 | 只看该作者 Only view this author
Lithium 发表于 2022-11-17 08:55
sob老师 您好,是这种的

Gaussian能算,但体系很大,没有很好的计算资源的话很难算得动
ORCA做也可以,TDDFT利用RIJCOSX比Gaussian更快
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

351

帖子

0

威望

2085

eV
积分
2436

Level 5 (御坂)

17119#
发表于 Post on 2022-11-17 18:33:35 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2022-11-17 15:12
Sob老师您好,我在看一篇关于双铑体系的计算化学的文章,想通过文章里支持信息的笛卡尔坐标用高斯观看一下 ...

不是有Atomic Number吗?45号Rh,1号H,6号C,8号O      

106

帖子

0

威望

426

eV
积分
532

Level 4 (黑子)

17120#
发表于 Post on 2022-11-17 19:26:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-16 15:26
pubchem的权威性只体现在平面结构、物化性质方面,3D结构很可能是随便摆的。
真要是需要“权威性”的3D ...

好的好的,明白了

89

帖子

0

威望

1875

eV
积分
1964

Level 5 (御坂)

17121#
发表于 Post on 2022-11-17 20:23:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 16:05
把第1、3列删了,其它部分写到gjf的坐标部分里就能用gview打开

感谢Sob老师
道友请留步

89

帖子

0

威望

1875

eV
积分
1964

Level 5 (御坂)

17122#
发表于 Post on 2022-11-17 20:26:01 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-11-17 18:33
不是有Atomic Number吗?45号Rh,1号H,6号C,8号O

我这就去观看一下,感谢你的解答
道友请留步

17

帖子

0

威望

366

eV
积分
383

Level 3 能力者

17123#
发表于 Post on 2022-11-17 21:11:25 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在计算一个大概200个原子的有机分子,在Gaussian中进行优化时,使用了IEFPCM隐式溶剂模型。

接下来计算单点能时,我考虑用ORCA进行计算,请问用ORCA的CPCM模型是合理的吗,请问有无类似的文献?或者还有什么更好的方法吗?

1万

帖子

0

威望

8993

eV
积分
20743

Level 6 (一方通行)

17124#
发表于 Post on 2022-11-17 21:16:10 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-11-17 14:11
各位老师好,我在计算一个大概200个原子的有机分子,在Gaussian中进行优化时,使用了IEFPCM隐式溶剂模型。
...

尽量用SMD,SMD比CPCM准
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

9

帖子

0

威望

41

eV
积分
50

Level 2 能力者

17125#
发表于 Post on 2022-11-17 22:02:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,本人为计算Pd和氢化石墨炔的结合能,在Gaussian中用簇模型的方法进行计算,即截取一部分氢化石墨炔,断键处用H进行饱和。采用结合能计算公式:E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)计算结合能。

其中:

AB是几何结构优化后的Pd和氢化石墨炔的复合体系的单点能(将氢化石墨炔单独进行几何结构优化之后,将Pd放在预先设定的位置,再对整个体系进行再次优化,再次优化过程中,冻结氢化石墨炔边缘一圈的C原子和H原子,以防止氢化石墨炔发生较大的变型,得到最终优化完成的结构)

A是单个Pd原子的单点能。

B是单独经过几何结构优化之后的氢化石墨炔的单点能。

我主要有两个方面的问题:

1.对Pd和氢化石墨炔的复合体系进行几何结构优化的时候,采取的限制性优化方式是否合理?

2.对于AB、A、B的代入是否合理?尤其是B,应该代入单独经过几何结构优化之后的氢化石墨炔的单点能,还是应该代入几何结构优化后的Pd和氢化石墨炔的复合体系去除掉Pd之后的结构的单点能?(这两种结构不太一样,后者因为对整个体系进行了优化,氢化石墨炔与Pd有相互作用,因此氢化石墨炔的变形比较明显)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

17126#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-18 02:29:14 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-11-17 21:11
各位老师好,我在计算一个大概200个原子的有机分子,在Gaussian中进行优化时,使用了IEFPCM隐式溶剂模型。
...

CPCM只定义了极性部分,SMD同时定义了非极性部分,明显算能量相关问题更准,仔细看下文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

17127#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-18 02:35:18 | 只看该作者 Only view this author
Mary 发表于 2022-11-17 22:02
老师好,本人为计算Pd和氢化石墨炔的结合能,在Gaussian中用簇模型的方法进行计算,即截取一部分氢化石墨炔 ...

1 合理

2 单独优化的氢化石墨炔的单点能
通常所谓的结合能包含单体的变形能在内,以单体孤立状态能量作为参考

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

366

eV
积分
383

Level 3 能力者

17128#
发表于 Post on 2022-11-18 08:40:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-17 21:16
尽量用SMD,SMD比CPCM准

谢谢老师。我计算用的溶剂非极性部分在SMD中没有定义,同时无论是ORCA还是Gaussian在计算时频繁出现报错问题,因此希望可以用cpcm/iefpcm 结合ORCA/Gaussian进行计算。请问这样可行吗?

1万

帖子

0

威望

8993

eV
积分
20743

Level 6 (一方通行)

17129#
发表于 Post on 2022-11-18 14:04:43 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-11-18 01:40
谢谢老师。我计算用的溶剂非极性部分在SMD中没有定义,同时无论是ORCA还是Gaussian在计算时频繁出现报错 ...

那就用CPCM,CPCM虽然精度低于SMD,但是这个精度区别远不至于让CPCM不能用
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

17

帖子

0

威望

366

eV
积分
383

Level 3 能力者

17130#
发表于 Post on 2022-11-18 16:09:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-18 14:04
那就用CPCM,CPCM虽然精度低于SMD,但是这个精度区别远不至于让CPCM不能用

那请问老师 ORCA CPCM算单点, Gaussian CPCM 优化几何结构是合理的是吗?
在论文中写计算方法时是否可以直接标 CPCM-xxxx//CPCM-xxx呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 00:49 , Processed in 0.431363 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list