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[GROMACS] thermal annealing的mdp文件怎么写

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如文献中所说,600K,100bar运行10ns,然后在3ns内逐渐从600k降到300K的thermal annealing那么,在.mdp文件中的; Temperature coupling is on和 ;Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)两部分该如何写呢?

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发表于 Post on 2017-12-15 10:57:57 | 只看该作者 Only view this author
annealing =single      ; 单次退火
annealing-npoints=4  ; 几个时间点
annealing-time= 0  10000   13000   500000  ;  时间点
annealing-temp=600  600  300  300 ;  时间节点上的温度
就像这样

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发表于 Post on 2017-12-15 14:02:03 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-15 14:31:08 | 只看该作者 Only view this author
diaok 发表于 2017-12-15 10:57
annealing =single      ; 单次退火
annealing-npoints=4  ; 几个时间点
annealing-time= 0  10000   130 ...

谢谢您!请问跟sob老师回复的那个的区别在哪儿呢,是否像sob老师展示的PPT中那样的算是多次退火,会更准确呢,那样的话,对应我说的过程又该如何写

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发表于 Post on 2017-12-15 14:36:54 | 只看该作者 Only view this author
Amiswen 发表于 2017-12-15 14:31
谢谢您!请问跟sob老师回复的那个的区别在哪儿呢,是否像sob老师展示的PPT中那样的算是多次退火,会更准 ...


不是说让你和ppt里写的一样,ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-15 15:31:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-15 14:36
不是说让你和ppt里写的一样,ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-12-19 21:55:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-15 14:36
不是说让你和ppt里写的一样,ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的

sob老师,我通过同源建模之后,发现模型中部2个beta折叠的骨架与侧链与晶体结构相差较大。我能否在真空下 对其他区域添加限制,然后特别针对该部分进行模拟退火(charmm力场)来优化构象骨架折叠呢?
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发表于 Post on 2017-12-19 22:02:07 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2017-12-19 21:55
sob老师,我通过同源建模之后,发现模型中部2个beta折叠的骨架与侧链与晶体结构相差较大。我能否在真空下 ...

原理上没问题
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发表于 Post on 2017-12-19 22:19:30 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师~
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