有时候gromacs体系搭建的不理想mdrun各种报错的时候，不妨试一下em

jase20

最近在搭建一个比较麻烦的体系，需要把两个小分子的top整理到一起，方便实现两个组的一个约束，当时真是各种报错，都快被整疯了....当我定义这两原子之间一个新的化学键，5型的bond，但使用隐式溶剂grompp提示我体系里面有两个键角的参数找不到....实际这两个原子八杆子打不着，如果我如果不定义bond吧，grompp正常通过，mdrun还不到1s中就lincs warning然后直接dump了....前前后后不知道改了多少个参数，添加exclusion...体系就是不停的崩溃...然后再尝试了十几次之后，就在我快要放弃的时候，一个声音从我的大脑中冒了出来...要不要试一下能量最小化...然后..竟然mdrun正常不报错了...就这样成/...功...了...（因为我之前用的初始构像都是已经平衡好了的...所以在每次更改top和mdp参数的时候都没有考虑能量最小化....)
总结三点：1.每种错误应该都是有原因的（虽然我至今不知道那个提示我键角参数缺失是咋回事....)，每次遇到这种体系崩溃的时候，都要根据错误信息好好想想到底是那里出的问题...

2.每次更改参数都最好作一下能量最小化；



3.出现lincs warning的解决办法不是把mdp里面的constraint = lincs注释掉，而是好好检查一下体系是不是那里设置的不合理..

wbn

感觉你这样做挺玄的... 两个小分子之间加一个bond是牵一发而动全身的事情，会导致大量的nonbonded interaction被exclude掉，会完全改写势能面。那么体系必然会处于势能面一个不稳定的状态，重新em是必然的。5型的bond 似乎专门就是为了exclude interaction这个目的，本身不提供任何作用，我不太明白你这样有什么用意， 但我猜你想用的是type 6...

jase20

wbn 发表于 2017-11-17 03:27
感觉你这样做挺玄的... 两个小分子之间加一个bond是牵一发而动全身的事情，会导致大量的nonbonded interact ...

因为实际他们的确是通过化学键连着的，我也没事没办法弄到链接后的构象，只能自己慢慢操作……最后用的是2型的constraint，然后自己手动添加了exclusion