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[GROMACS] 使用隐式溶剂报错 cannot find length for atoms involved in angle

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我在使用隐式溶剂的时候,出现了这个报错,我在top中并没有定义这两个原子之间有键角,关键是在实际结构中这两个原子八杆子打不着,真的很纳闷为什么会有这样的问题。
我在mdp文件中加上了implicit-solvent = GBSA   gb-algorithm = OBC,就出现了这样的报错,关掉这两个选项就可以,请问该如何解决这个问题呢?

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发表于 Post on 2017-11-14 01:31:04 | 只看该作者 Only view this author
gmx2016.4试试?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-14 10:59:58 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,还是不行....不过请问top中的原子编号一定是要从1按顺序开始编号吗?

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发表于 Post on 2017-11-14 13:06:39 | 只看该作者 Only view this author
jase20 发表于 2017-11-14 10:59
谢谢老师,还是不行....不过请问top中的原子编号一定是要从1按顺序开始编号吗?


不一定有这个要求,反正我是没见过moleculetype里有原子序号不从1开始的情况
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