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[GROMACS] gromacs中如何将小分子设置成为刚性的

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楼主
请问利用gromacs模拟有机分子体系时,可以将小分子设置为刚性分子进行模拟吗?
尝试过在mdp中设置constraints=all-angles,constraint_algorithm = shake,但是模拟过程中总是出现错误。
请问还有其他方法吗?
谢谢!

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发表于 Post on 2017-11-10 17:39:17 | 只看该作者 Only view this author
没有什么方法能够令任意分子直接保持刚性(除非直接做坐标冻结),怎么尽可能设为刚性看具体什么分子,比如对一些容易转动的二面角的原子加上一些距离constraint。
原理上用all-angles并不会导致出错。
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发表于 Post on 2017-11-11 09:32:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-10 17:39
没有什么方法能够令任意分子直接保持刚性(除非直接做坐标冻结),怎么尽可能设为刚性看具体什么分子,比如 ...

老师,那如果直接增大二面角扭转的力场数呢?

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发表于 Post on 2017-11-11 11:58:29 | 只看该作者 Only view this author
jase20 发表于 2017-11-11 09:32
老师,那如果直接增大二面角扭转的力场数呢?

是一种做法,但也不能增加得过大,否则可能导致相应坐标上周期型震荡频率较高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-13 09:23:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-11 11:58
是一种做法,但也不能增加得过大,否则可能导致相应坐标上周期型震荡频率较高

谢谢sob老师,是的,力场常数增加过多也会出错。

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