添加离子时出错，提示Atomtype OW not found

Orkinstein · 发表于 Post on 2017-10-27 16:43:58

大家好，我刚刚接触MD，第一次用Gromacs。我想替朋友算一个有机环状分子能容纳多少水分子。

参考Sobereva老师的《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》http://sobereva.com/266

我得到了转换好的gro和top文件。

但是完成盒和填充溶剂（tip4p）后，在添加离子的时候我使用gmx grompp -f ions.mdp -c MOL_solv.gro -p MOL.top -o ions.tpr 命令
却出现了No such moleculetype的错误。
于是我在top文件的[molecules]之前添加了以下行
#include "amber99sb.ff/tip4p.itp"
结果又碰到了新错误Atomtype OW not found

试了很久，还是不知道怎么解决，希望大家能指点一下。
另外一个问题就是，这个方法生成的top是用gaff的，而我这里水的力场是amber99sb的，会不会有问题？

谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-28 01:22:36

GAFF和amber完全兼容
你当前就是top文件顺序搞乱了，没正确include

Orkinstein · 发表于 Post on 2017-10-28 02:15:43

sobereva 发表于 2017-10-28 01:22
GAFF和amber完全兼容
你当前就是top文件顺序搞乱了，没正确include

谢谢Sobereva老师！
现在我手动往[ atomtypes ]表格里面添加了从amber99sb力场拷贝来的参数
HW_tip4p HW_tip4p 1.008 0.0000 A    0.00000e+00  0.00000e+00
OW_tip4p OW_tip4p 16.00 0.0000 A    3.15365e-01  6.48520e-01
MW    MW       0.0000 0.0000 D    0.00000e+00  0.00000e+00
从ambertools转换来的文件似乎多了一个Amb项目？

之后就没有出错提示了，但是我#include "amber99sb.ff/tip4p.itp"得放在[molecules]之前才可以。我在官网看的top文件格式，似乎都是放在[ atomtypes ]之前？

附件是我的top文件
非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-28 02:57:24

当所有include展开之后，应满足基本顺序：
defaults
atomtypes
各种分子的moleculetype
system
molecules

其中moleculetype里用到的各种原子类型都得在atomtypes里出现

Orkinstein · 发表于 Post on 2017-11-1 03:47:30

sobereva 发表于 2017-10-28 02:57
当所有include展开之后，应满足基本顺序：
defaults
atomtypes

感谢Sobereva老师，这几天我仔细看了下结构，gromacs的格式要求非常严格，不满足就会出错。官网的例子include的是整个力场，水的itp如果放在开头的话会导致顺序不对。

我现在又有几个新的问题：
0. 建立GAFF力场的top文件的时候，一般的教程都是用Gaussian做个结构优化并得到resp，需不需要再作一个隐式溶剂的单点呢？
1. 我的gro和top文件都是用ambertools的GAFF建立的，在转换成gromacs并且添加水以后再include了amber99力场，应该amber99力场只作用于水吧？
2. 关于水的模型的选择，The Journal of Chemical Physics 123, 104501 (2005)得出的结论是TIP4P反而比5P要来的好？
3. gromacs可以很方便的添加Na+、K+之类的抗衡离子，但如果实际体系是用铵根离子，模拟的时候用K或者Na应该没有太大区别？我觉得目标分子的周围有上千个水分子，4个Na+和4个铵根离子的区别应该很小。我也尝试了用相同的方法得到铵根离子的GAFF的top，再添加到盒中去，可是系统会提示gro和top的原子数不一致。是不是因为有些生成的原子名称比如N和H重复了？
4. 我仔细阅读了您的《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》，感觉很有帮助。但是我有一个很笨的问题：对于我的体系，分子周围有上千个水，而我感兴趣的是分子内部的水，进行量化计算的时候需要把外部的水都去掉...有没有便捷的方法呢？只能手动去除了吗？由于希望得到分子内部水的信息，应该可以参考文中（H2O）4的例子，先跑动力学，之后用MOPAC2012//PM6-DH+筛选，然后再用DFT在M062X或者更高的精度上进一步计算？

非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-3 15:44:02

Orkinstein 发表于 2017-11-1 03:47
感谢Sobereva老师，这几天我仔细看了下结构，gromacs的格式要求非常严格，不满足就会出错。官网的例子inc ...

0 意义不明，不知道你要算单点为什么
1 应当说GAFF只作用于你当前处理的分子，AMBER99会用于体系其它分子的原子。GAFF原子类型是小写，AMBER是大写，一看分子里的原子类型是什么就知道对应的什么力场
2 TIP5P是个垃圾。TIP4P也不划算，一般用SPC/E就行了
3 还是应当用铵根，要不然别人问起来不好交代这么做的合理性。原子数不一致和原子名没关系，看top末尾的离子数是否设对了
4 先用VMD的选择语句，用球形选择范围把分子外的大部分水去掉，然后再把残余在表面的一些水自行用诸如gview删掉。

Orkinstein · 发表于 Post on 2017-11-23 05:44:06

sobereva 发表于 2017-11-3 15:44
0 意义不明，不知道你要算单点为什么
1 应当说GAFF只作用于你当前处理的分子，AMBER99会用于体系其它分 ...

感谢sobereva老师的回复，最近期中比较忙，没有上论坛，现在来update一下

0 因为我觉得考虑溶剂化的条件下电荷应该更准确？不过我在amber的网站的教程上看到他们说在HF/6-31G*水平下，因为误差相消，可以得到接近溶剂环境下的电荷，所以应该就没有必要了。
1 谢谢，明白啦
2 明白了，我先用tip3p的算。由于想知道水在分子内部的结构，是不是都需要削弱氢键呢？
3 我已经找到原因，top末尾的离子数是正确的，但是铵根的itp文件没有删除原来top文件头尾的多余的行导致了错误
4 由于分子是个近似圆柱/立方形，我正在写个脚本自动删除多余的水分子和统计内部的水的数目。如果脚本处理完以后，我有n个帧的3个水分子在分子内部，m个帧的4个水分子在分子内部，前者和后者的在MD里能量的平均值之差能否作为从分子中排出1个水分子的能量呢？

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[GROMACS] 添加离子时出错，提示Atomtype OW not found

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