PMF模拟的问题

kjxwl3

各位Amber大神，
    我在学习amber的PMF的时候，参考了tutorial上的一个例子http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/section2.htm，这里的反应坐标是二面角。但是在restraint potential文件中，我不太明白：
Harmonic restraints for 60 deg
  &rst
   iat=9,15,17,19,
   r1=-120.0, r2=60.0, r3=60.0, r4=240.0,
   rk2=200.0, rk3=200.0,
  /
这里为什么会有4个键角值，我看下面的描述不太明白。不是就在每一个window下面一个键角值就可以了么？
谢谢大家！

beyond

请看amber17的手册21.6.4. Umbrella sampling

sobereva

教程里已经写了
Essentially between r1 and r2 it will be harmonic with force constant rk2, between r2 and r3 it will be flat and between r3 and r4 it will be harmonic with force constant rk3
即r2~r3之间不感受到外加势，<r2或>r3时才感受到谐振势

kjxwl3

beyond 发表于 2017-10-17 21:27
请看amber17的手册21.6.4. Umbrella sampling

额，非常感谢！我大致明白了。只有r2，r3才是控制角度，r1和r4要与r1和r2差别很大。如果我要以距离作为coordinate，比如两个原子之间的距离从1埃到10埃，那么我也要给出4个值么，比方说我在跑3埃的windows的时候，应该设置4个距离为1，3，3，10.

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-10-17 22:10
教程里已经写了
Essentially between r1 and r2 it will be harmonic with force constant rk2, between r ...

谢谢sob大神！r1和r4感受到的这个谐振势是不是200*(theta - 120)^2 ?

sobereva

kjxwl3 发表于 2017-10-18 11:05
谢谢sob大神！r1和r4感受到的这个谐振势是不是200*(theta - 120)^2 ?

是。确切表述是“在r1和r4之间时感受到的...”

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-10-18 12:31
是。确切表述是“在r1和r4之间时感受到的...”

我看它里面写的r1，r2，r3，r4为-60，120，120，300。可不可以写为0，120，120，360。

sobereva

kjxwl3 发表于 2017-10-18 12:37
我看它里面写的r1，r2，r3，r4为-60，120，120，300。可不可以写为0，120，120，360。

看你的具体情况，适当时候可以。至于那个教程我现在没时间看

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-10-18 12:40
看你的具体情况，适当时候可以。至于那个教程我现在没时间看

谢谢sob大神，sob大神还得向你请教一下：
(1). 我的反应坐标是两个质心之间的距离，我现在该怎么在偏势文件中写呢？我看了US部分的手册，没有找到相关的说明.
(2). 我看例子里面是首先跑没有约束的MD，然后做PMF。如果在AMBER里面做PMF的话，每一个window下面初始的坐标都是前面没有约束的MD的结果么？我看tutorial上的例子是先用初始的坐标，后面都用前一步的坐标。

lujun

kjxwl3 发表于 2017-10-18 21:09
谢谢sob大神，sob大神还得向你请教一下：
(1). 我的反应坐标是两个质心之间的距离，我现在该怎么在偏势 ...

同问第一个问题，我现在也遇到了第一个问题，大家有没有谁知道怎么解决？