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[GROMACS] mdp设置中walls参数的设置和作用

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楼主
老师们好,我是做固液界面吸附研究的,因为是单面吸附,考虑到pbc=xyz的话会有影响,请问这种情况是不是把z轴扩大到xy的三倍以上就能解决呢?如果设置pbc=xy,需要和walls连用,请问这个walls参数一般是怎么设置的?有没有书里讲这个设置的原理什么的?谢谢!

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发表于 Post on 2017-9-30 14:43:12 | 只看该作者 Only view this author
这和把z扩大到xy的几倍没必然关系,液相区域长度够大就行。与其用wall还不如增大液相区域,用双面。而且两面数据一起统计,还可以减小统计误差。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 14:52:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-30 14:43
这和把z扩大到xy的几倍没必然关系,液相区域长度够大就行。与其用wall还不如增大液相区域,用双面。而且两 ...

老师是说z方向上足够长么?一般判断标准是什么?

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发表于 Post on 2017-9-30 14:57:26 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2017-9-30 14:52
老师是说z方向上足够长么?一般判断标准是什么?


对于小的液体分子,最起码使得固体的上表面和镜像的下表面距离有3nm,避免一个液体分子同时受到两头的作用。如果是大的液体分子,尺寸还得大一些
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 15:31:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-30 14:57
对于小的液体分子,最起码使得固体的上表面和镜像的下表面距离有3nm,避免一个液体分子同时受到两头的 ...

好的,谢谢sob老师!

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