求问自由能面图的物理意义

alystone · 发表于 Post on 2017-9-27 17:41:48

在拜读sob老师文章“浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法”http://sobereva.com/73 一文中，最后也按照步骤做出了PC1和PC2之后的自由能面图。
但是在分析其意义的时候，有几个地方不懂，还是得请问一下：
1、横纵坐标轴的物理意义是什么，“投影在其本征向量”的过程是一个什么过程
2、颜色的深浅代表自由能的高低，形状是否就代表体系的切面图？形状不同，就说明蛋白变化的趋势不同？
3、还能从对比形状和颜色上获取哪些信息。

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-27 21:56:08

1 相对于整个图最低点的自由能差。
诸如某结构(3,5)投影在x是3，投影在y是5，只不过这里x,y轴是PC而已
2 不是什么切面图。完整的自由能面是3N-6维的，二维自由能面图展现的是其中对讨论当前问题的最关键的二维子空间。
3 结合具体问题讨论，多看看用此类分析的研究文章

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-9-28 14:38:15

分子动力学模拟的体系的维度非常高，N个原子的话，就是3N维；为了简化，对这个3N维空间进行PCA，找出贡献最大的几个PC。
你的自由能面图的两个横坐标就是PC1和PC2，纵坐标是相应的自由能（由概率密度换算而来）。自由能低的地方（波谷）说明分布概率高，反之亦然。

alystone · 发表于 Post on 2017-9-29 09:08:44

sobereva 发表于 2017-9-27 21:56
1 相对于整个图最低点的自由能差。
诸如某结构(3,5)投影在x是3，投影在y是5，只不过这里x,y轴是PC而已
2 ...

谢谢sob老师。

alystone · 发表于 Post on 2017-9-29 09:08:53

霜晨月发表于 2017-9-28 14:38
分子动力学模拟的体系的维度非常高，N个原子的话，就是3N维；为了简化，对这个3N维空间进行PCA，找出贡献最 ...

谢谢！

alystone · 发表于 Post on 2017-9-29 09:35:28

霜晨月发表于 2017-9-28 14:38
分子动力学模拟的体系的维度非常高，N个原子的话，就是3N维；为了简化，对这个3N维空间进行PCA，找出贡献最 ...

再问个问题，请问怎么看PC1的贡献。谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-29 12:11:44

alystone 发表于 2017-9-29 09:35
再问个问题，请问怎么看PC1的贡献。谢谢

我的博文里已经说了，就是看对应的eigenvalues.xvg里的值

alystone · 发表于 Post on 2017-9-29 13:22:31

sobereva 发表于 2017-9-29 12:11
我的博文里已经说了，就是看对应的eigenvalues.xvg里的值

谢谢sob老师，可能是我表达的不清楚。我想直观看一下的是哪些二级结构和PC1的运动是有关系的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-29 13:32:55

alystone 发表于 2017-9-29 13:22
谢谢sob老师，可能是我表达的不清楚。我想直观看一下的是哪些二级结构和PC1的运动是有关系的。

看一下PC1矢量里面，组成这些二级结构的原子对这个PC的参与程度（可以对这些原子上的分量取平方，然后加和）

霜晨月 · 发表于 Post on 2017-9-29 15:43:32

alystone 发表于 2017-9-29 13:22
谢谢sob老师，可能是我表达的不清楚。我想直观看一下的是哪些二级结构和PC1的运动是有关系的。

有一个较直观的分析工具，就是Interactive essential dynamics。
https://mccammon.ucsd.edu/ied/

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求问自由能面图的物理意义

浏览过的版块