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[综合交流] 如何定量描述蛋白口袋的打开(暴露)程度?

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酶的活性口袋被一个loop盖住,这个loop处于开-闭的平衡中,只有loop打开的时候,活性口袋才暴露出来。
请问怎样定量描述这个口袋的打开程度?
我想可以有:loop与对侧口袋壁残基之间的最小距离,口袋残基的溶剂可及表面积(SASA);请问还可以有其他的描述方法吗?
谢谢


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发表于 Post on 2017-9-2 10:11:27 | 只看该作者 Only view this author
有些程序可以搜索蛋白质的口袋并计算相关的参数,google一搜能找到很多,有独立的程序也有很多在线的工具。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 21:58:09 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,请问有没有能对MD轨迹进行逐帧分析计算的,就像DSSP那样?

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发表于 Post on 2017-9-2 22:35:59 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-3 10:11:54 | 只看该作者 Only view this author
多谢Sob老师

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