周期性轨迹显示胡乱连键问题

wx91aaa

体系为100*100*100盒子，内含2881个分子。用VMD进行轨迹分析的时候，用gmx trjconv命令接-pbc mol转换轨迹后，将eq.gro和prod.trr导入VMD，结果还是显示成键混乱。虽然调成Dynamicbonds后能够改善，但是我想用Line显示一部分分子。所以，请问我该如何解决这个问题呢？谢谢各位老师！还有一个关于构建盒子大小的问题。根据科音培训班讲义里面的内容，2094个分子的体系填充在50*50*50的盒子，我这个体系构建50*50*50的盒子的话，进行分子动力学模拟后发现分子移动不大，因此将盒子规模改大。请问改成100*100*100合适吗？盒子尺寸过大是否影响模拟过程？谢谢！！

sobereva

记得轨迹文件和gro文件都得用-pbc mol来转换成无pbc的

不知你说的分子移动不大是什么意思。如果模拟过程分子位置不怎么动是因为温度太低，跟盒子大小没关系

wx91aaa

sobereva 发表于 2017-8-21 21:21
记得轨迹文件和gro文件都得用-pbc mol来转换成无pbc的

不知你说的分子移动不大是什么意思。如果模拟过程 ...

谢谢sob老师。我的体系温度设定的是298K，应该温度是正常的。