纯水体系水分子成氢键个数随z坐标的变化

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-8-6 21:46:01

请问大家，我用vmd搭建纯水盒子体系之后用NAMD跑了10ns的npt后又跑了一段时间的nvt平衡，后用sob老师的脚本算出来氢键个数比老师少一个，不知道是什么原因，sob老师算出来大约3个，我算出来是2个。脚本如下

，conf文件放在附件里，还请大家指导

mixture.conf (3.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

清微 · 发表于 Post on 2017-11-18 20:47:18

请问您最后找到解决办法了么？另外问一下，如果轨迹文件是xyz格式，没有残基名称，"same resid as resname SOL……”这里该怎么定义？

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[NAMD] 纯水体系水分子成氢键个数随z坐标的变化