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[Amber] AMBER14计算蛋白-配体复合物MMPBSA,结果中VDW项数值过大是什么原因

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请教AMBER14计算蛋白-配体复合物的MMPBSA,所得结果中VDW项数值很高,这是什么原因啊
| Run on Mon Jul 31 11:33:35 2017
|
|Input file:
|--------------------------------------------------------------
|&general
|startframe=1, endframe=200, interval=5,
|verbose=2, keep_files=0,
|/
|&pb
|istrng=0.15, fillratio=4.0
|/
|--------------------------------------------------------------
|MMPBSA.py Version=14.0
|Complex topology file:           com.top
|Receptor topology file:          pro.top
|Ligand topology file:            lig.top
|Initial mdcrd(s):                pro.crd
|
|Receptor mask:                  ":1-153"
|Ligand mask:                    ":154"
|Ligand residue name is "LIG"
|
|Calculations performed using 40 complex frames.
|Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in mmpbsa_py_energy
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

POISSON BOLTZMANN:

Complex:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                   3432351.8452           139491.2208          69745.6104
ANGLE                   286562.3597              375.3618            187.6809
DIHED                     4279.1127               88.1344             44.0672
VDWAALS                2514910.4605            64650.4516          32325.2258
EEL                      -9349.4456               64.8331             32.4166
1-4 VDW                2360728.1438             6207.2056           3103.6028
1-4 EEL                   2316.1681               33.5581             16.7790
EPB                      -4584.0927               57.5368             28.7684
ENPOLAR                   1315.4992                5.3421              2.6710
EDISPER                   -630.7567                3.8993              1.9496

G gas                  8591798.6443           100994.5234          50497.2617
G solv                   -3899.3502               54.9029             27.4515

TOTAL                  8587899.2942           101010.4847          50505.2423


Receptor:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                   2814589.6486            41111.6662          20555.8331
ANGLE                   281573.7776              366.4904            183.2452
DIHED                     4144.8972               96.7402             48.3701
VDWAALS                2459401.1834            64365.0289          32182.5145
EEL                      -9546.5313               72.0096             36.0048
1-4 VDW                1435197.3302             1181.8369            590.9185
1-4 EEL                   2580.3403               37.0945             18.5473
EPB                      -4608.2147               49.8288             24.9144
ENPOLAR                   1309.5575                5.0852              2.5426
EDISPER                   -641.7537                3.7808              1.8904

G gas                  6987940.6461           103582.4543          51791.2272
G solv                   -3940.4108               47.9763             23.9882

TOTAL                  6984000.2353           103565.7861          51782.8931


Ligand:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                    617762.1965           176330.1265          88165.0633
ANGLE                     4988.5821               51.6924             25.8462
DIHED                      134.2154               12.5270              6.2635
VDWAALS                  21731.0238             4773.4122           2386.7061
EEL                         73.3033                5.4829              2.7414
1-4 VDW                 925530.8136             7388.3351           3694.1676
1-4 EEL                   -264.1722                3.5503              1.7751
EPB                       -137.7583                2.1252              1.0626
ENPOLAR                     47.8041                0.2146              0.1073
EDISPER                    -44.6677                0.1540              0.0770

G gas                  1569955.9623           174637.1337          87318.5669
G solv                    -134.6218                1.9398              0.9699

TOTAL                  1569821.3405           174635.8951          87317.9475


Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                         0.0000                0.0000              0.0000
ANGLE                       -0.0000                0.0001              0.0000
DIHED                        0.0000                0.0000              0.0000
VDWAALS                  33778.2534             2737.4257           1368.7129
EEL                        123.7824                3.9579              1.9789
1-4 VDW                      0.0000                0.0000              0.0000
1-4 EEL                      0.0000                0.0000              0.0000
EPB                        161.8803               16.8874              8.4437
ENPOLAR                    -41.8625                0.4710              0.2355
EDISPER                     55.6646                0.2925              0.1463

DELTA G gas              33902.0359             2733.5264           1366.7632
DELTA G solv               175.6825               16.6419              8.3210

DELTA TOTAL              34077.7183             2726.3155           1363.1578


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