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[NAMD] 环肽纳米管外侧吸附的问题

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利用环肽纳米管对氯仿和水的稀溶液进行吸附分离,发现氯仿在管外侧聚集,但是怎么计算吸附效率没能找到合适的方法,因为氯仿在管外的分布不是很均匀,不是成层,而是团聚似的在管外侧,图上给出吸附情况,烦请大家帮助。

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发表于 Post on 2017-7-28 20:39:13 | 只看该作者 Only view this author
这个工作苏大樊老师做了很多的,应该有不少积累,你联系看看。

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发表于 Post on 2017-8-4 19:52:03 | 只看该作者 Only view this author
氯仿与氯仿的亲和性应当比和环肽纳米管更高(毕竟肽键是有极性的),因此呈现聚集也不奇怪
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-6 09:32:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-4 19:52
氯仿与氯仿的亲和性应当比和环肽纳米管更高(毕竟肽键是有极性的),因此呈现聚集也不奇怪

是的,这个现象是跟正常的,我想表达的是这个吸附在外表面的效率怎么计算,因为氯仿分子在管外的聚集不是规则的(例如“在管外成层”),以为不规则的话就不好选择范围,这个吸附范围应该怎么选呢?谢谢                                                sobereva 老师啦

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发表于 Post on 2017-8-6 12:02:03 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxin 发表于 2017-8-6 09:32
是的,这个现象是跟正常的,我想表达的是这个吸附在外表面的效率怎么计算,因为氯仿分子在管外的聚集不是 ...

我不太清楚效率是怎么定义的,如果只是想计算氯仿和管的接触面积,那倒简单,算个整体的面积,再减去氯仿和管两部分面积,再除以2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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