离子对（ion pair lifetime）寿命的计算

浅原问问

老师好，最近看文献看到一个ion pair （IP）lifetime 的概念。但文章中没有具体计算的细节，请问各位老师有什么资料推荐吗？如果是用gromacs跑的离子液体动力学（gromacs手册中没有查到离子对寿命的相关概念），怎么样计算IP lifetime比较方便呢？谢谢老师！

ulosggs

可以参照氢键寿命的计算，就是成键自相关系数积分

wbn

一搜就搜到
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.5b00003
里面有详细的计算方法。具体计算可以导出轨迹，然后写个代码实现。VMD脚本应该也能做，不过我不会。你可以直接发邮件给作者要代码，第一作者是个中国人应该乐意帮你。

不过要注意离子液体的动力学想要做对是非常困难的。你需要仔细地调试你的方法和力场，把密度和扩散系数之类的全做对才能开始算动力学。