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[综合交流] 如何计算文献中的probability distribution

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在Drude力场的一篇文献中通过对Ala5的MD模拟计算了三种不同构象C5,aR和PPII的probability distribution,然后绘制成figure 2. 请问这个probability distribution是怎么计算出来的?

fig2.gif (70.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

fig2.gif

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发表于 Post on 2017-7-15 12:10:25 | 只看该作者 Only view this author
就是绘制rama图,然后你可以用现成的工具或者自己写的工具把(phi,psi)散点数据转化成图中各个小微元的概率密度来绘制成填色图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-15 15:11:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-15 12:10
就是绘制rama图,然后你可以用现成的工具或者自己写的工具把(phi,psi)散点数据转化成图中各个小微元的概率 ...

这个概率密度是怎么求出来的?哪个工具可以直接作出这个数值分布嘛老师

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发表于 Post on 2017-7-15 17:53:22 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2017-7-15 15:11
这个概率密度是怎么求出来的?哪个工具可以直接作出这个数值分布嘛老师

参看此文,里面的小程序ddtdp就把散点数据转化成了概率密度
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
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