利用antechamber轉換帶電小分子至GMX格式時的問題[已解決]

HarrisLin

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重新摸索後
解決方式如下
問題1. 直接在DS2016中將ligand儲存成mol2格式
問題2. 指令調整成 python acpype.py -i ligand.mol2 -n -1 (帶電-1)
就可順利產生所有文件
還是感謝各位提供幫助的前輩
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各位前輩好
目前正在使用GMX進行蛋白配體複合體的MD模擬
不過在小分子轉換上碰到一些問題
因此上來請教

先前實驗碰上的都是net charge=0的分子
用amber將ligand.pdb轉乘ligand.mol2
antechamber -i lead4l.pdb -fi pdb -o lead4l.mol2 -fo mol2 -c bcc -pf y
然後用之前sob老師提供的python檔(附件)自動帶入力廠後轉換成適合gmx的格式

不過目前碰上的是小分子是帶負電(-1)
使用原先的amber轉換指令會報錯
因此嘗試將指令調整成這樣
antechamber -i lead4l.pdb -fi pdb -o lead4l.mol2 -fo mol2 -nc -1 -c bcc -pf y
這樣子雖然可以順利生成mol2檔案
但是之後的python步驟會直接跳報錯
理由是mol2檔案不存在(我確定是存在的)或是"tmp"不存在

想請問我應該怎麼樣去修正
才能獲得可用於GMX使用的小分子文件
謝謝

beyond

格式转换可以用amber的parmed来实现：

#!/usr/bin/python

import parmed as pmd

#convert prmtop and inpcrd into top and gro
amber = pmd.load_file('mol_sol.prmtop','mol_sol.inpcrd')
#
amber.save('mol_sol.top')
amber.save('mol_sol.gro')

diaok

没看明白是什么报错
写上命令的输入和输出

acpype生成gmx的文件有两种用法
使用amber里面的tleap模块载入力场然后保存的下面的两个东西
acpype.py -p lig.prmtop -x lig.inpcrd -d   -c user

或者从mol2自动走一遍antechamber的流程
acpype  -i  lig.mol2  -c user   
-c不选就会默认又算一遍bcc电荷， 而且 -n的默认电荷是0

HarrisLin

diaok 发表于 2017-7-14 16:29
没看明白是什么报错
写上命令的输入和输出

感謝前輩回答

目前嘗試透過"-nc -1"讓pdb to mol2能順利轉換出來
但是之後套用腳本會跳出報錯 ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'

我之前是把ligand自.pdb格式中拆出來
利用指令antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand.mol2 -fo mol2 -c bcc -pf y
接著將ligand.mol2檔案和sob老師給的acpype.py腳本放在同個資料夾
然後以指令python acpype.py -i ligand.mol2轉換
獲得最終所需要的ligand.gro和ligand.itp兩個檔案

不過目前碰到的困難主要就是新的小分子帶負電(-1)
我應該如何修正讓第一步驟的.pdb to .mol2能順利進行
不確定我那樣新增" -nc -1 "是否正確?
還有就是第二步驟 原先的腳本是否能透過簡單的修改
就能相容帶電小分子的轉換呢?

目前主要都是用GMX
Amber只有拿來轉換topol格式用
還是前輩能指點或是推薦網路教學(中英都可)是關於帶電小分子的力場格式轉換呢
謝謝

diaok

HarrisLin 发表于 2017-7-14 21:17
感謝前輩回答

目前嘗試透過"-nc -1"讓pdb to mol2能順利轉換出來

这个报错和电荷应该没关系

用的acpype版本好像不同
我的应该更新点
你上传的里面
leapAmberFile = 'leaprc.ff12SB'
我的是
leapAmberFile = 'leaprc.ff14SB'

可以试试

HarrisLin

diaok 发表于 2017-7-17 10:07
这个报错和电荷应该没关系

用的acpype版本好像不同

謝謝  不過我總共八組都用舊版跑了
所以除非要全部重跑
不然大概不會混著新版用
不過我就先收下了  
也許以後用得上XD

diaok

HarrisLin 发表于 2017-7-28 00:49
謝謝  不過我總共八組都用舊版跑了
所以除非要全部重跑
不然大概不會混著新版用

acpype只是完成了格式转换的后处理
实际的参数化还是用antechamber完成的
只要acpype里面固定的物理参数不变，结果应该是一样的
生成的文件夹里面leap.log里面有实际的流程

怀疑你的问题可能是版本bug
后来解决了吗？ 是哪里的问题？

HarrisLin

diaok 发表于 2017-7-28 16:25
acpype只是完成了格式转换的后处理
实际的参数化还是用antechamber完成的
只要acpype里面固定的物理参 ...

我一開始的問題是帶電的小分子pdb沒辦法用先前用在不帶電分子的指令轉mol2格式
自己嘗試去修改指令(我是用無視電荷的指令)
但做出來的東西帶入第二步的acpype會失敗(顯示電荷非零問題)

解決辦法是小分子的mol2檔直接用DS另存出來
然後將acpype步驟調整成總電荷-1

先前我跑acpype是準備好mol2檔 然後使用指令python acpype.py -i ligand.mol2
新的方式是準備好mol2檔 然後使用調整過的指令python acpype.py -i ligand.mol2 -n -1

追加兩個 -n -1
根據我查的資料這個指令是能調整總電荷數
因為之前運行acpype時 他會有一行字說預設電荷為零
但我分子是帶一個負電的
加了這個指令後就功能都正常跑完
用的是最信的amber16/ambertool17

再次謝謝

diaok

HarrisLin 发表于 2017-7-30 01:46
我一開始的問題是帶電的小分子pdb沒辦法用先前用在不帶電分子的指令轉mol2格式
自己嘗試去修改指令(我是用 ...

很奇怪 我也遇到类似的问题了
AmberTools version 16.21可以正常使用
但是antechamber 17.3有的mol2就转不了 出现
Warning: The number of bonds (3) for atom (ID: 2, Name: C1) does not match
         the connectivity (2) for atom type (C1) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (2) for atom (ID: 8, Name: O2) does not match
         the connectivity (1) for atom type (O2) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
But, you may safely ignore the warnings if your molecule
         uses atom names or element names as atom types.
-- Check Geometry --
      for those bonded
      for those not bonded
   Status: pass
-- Check Weird Bonds --
/home/*/program/amber16/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Weird atomic valence (3) for atom (ID: 2, Name: C1).
这些用不了的mol2用acpype也不行
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'

HarrisLin

diaok 发表于 2017-12-8 16:50
很奇怪 我也遇到类似的问题了
AmberTools version 16.21可以正常使用
但是antechamber 17.3有的mol2就 ...

如果手上有其他分子模擬軟體
可以直接把pdb中的小分子切出來直接存mol2
然後拿過來跑ACPYPE (如果帶電則追加紅字指令)
應該就能用了

diaok

HarrisLin 发表于 2017-12-9 17:55
如果手上有其他分子模擬軟體
可以直接把pdb中的小分子切出來直接存mol2
然後拿過來跑ACPYPE (如果帶電 ...

应该是antechamber17检查键之类更严格了，底下苯环类的bond必须用ar表示