求助：vmd中怎么实现两个pdb分子构型尽可能重叠

alystone · 发表于 Post on 2017-5-20 19:52:34

请问，我现在有两个同样蛋白质的前后不同时间的两个pdb文件，但用vmd同时显示的时候，蛋白的扭转和平移比较大。请问在vmd中有什么方法可以实现这两个蛋白同时显示的时候尽可能的重叠，以好比较蛋白局域差异。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-5-20 19:58:54

alystone · 发表于 Post on 2017-5-20 22:08:59

liyuanhe211 发表于 2017-5-20 19:58
看关于Align的内容：http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node5.html

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-20 22:41:31

extensions - analysis - RMSD trajectory Tool，左上角选好要对齐的原子范围，然后点align

alystone · 发表于 Post on 2017-5-21 09:05:12

sobereva 发表于 2017-5-20 22:41
extensions - analysis - RMSD trajectory Tool，左上角选好要对齐的原子范围，然后点align

谢谢sob老师，这个方法重合度比较好。

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[VMD] 求助：vmd中怎么实现两个pdb分子构型尽可能重叠