Gromacs protein-ligand complex MD教學 (20170905更新v6)

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-5-12 16:26:33

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-9-5 13:45 编辑

2017.09.05. 更新v6
1. 修正部分文字/標點錯誤
2. 重新整合命名規則使其更容易複製貼上就能使用
3. 附上重新整合後的.mdp檔案
4. 新增RMSF分析教學

2017.05.19. 更新v2
1. 修正部分文字/標點錯誤
2. 調整部分檔案命名方式使其前後關係更容易辨識
3. 不同步驟時的.mdp檔名修正(sol/min/nvt/npt/md)並微調內部設定
4. 提供此處與google雲端硬碟下載上述.mdp和acpype.py壓縮檔
5. 新增簡易結果RMSD分析與MD最終結構轉PDB步驟
6. 增添一些網路教學資源連結

謝謝Sob老師和各位的指點
終於把Gromacs的安裝和蛋白配體複合體MD基礎都學會了
雖然接下來還要研究怎麼分析結果(躺

我是實驗室第一個轉行用Gromacs的人(過往都用DS)所以寫了份教學就順便上來分享給需要的人
因為是邊操作邊寫的簡易教學中間不少嘗試錯誤和改來改去如果產生筆誤歡迎指正我會盡快修改
另外就是渣英文傷眼抱歉因為我還沒把ububtu的中文輸入法弄好

greatzdk · 发表于 Post on 2017-5-13 15:02:28

到底是bcc电荷好，还是RESP？

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-13 20:29:14

greatzdk 发表于 2017-5-13 15:02
到底是bcc电荷好，还是RESP？

原理上来说RESP更好，AM1-BCC当初也是作为更方便、快捷地获得与RESP质量相近的电荷而提出的。
但实际当中AM1-BCC结果不一定比RESP差

2019-May-15补充：鉴于如今使用Multiwfn计算RESP电荷极度方便，AM1-BCC电荷已没有使用价值了，详见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-5-19 16:50:07

更新 v2
頂一下給需要的人

allenloong · 发表于 Post on 2017-5-21 10:10:33

多谢分享

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-9-5 13:46:17

更新v6
更新內容見內文

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[GROMACS] Gromacs protein-ligand complex MD教學 (20170905更新v6)

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