怎样利用已经得到的xtc文件计算水分子旋转速度的分布？

guolong111

我按照这个帖子
碳纳米管的Gromacs模拟方法
中的做法完成了水合碳纳米管的298K的模拟。

但是我想知道碳纳米管对水分子自由旋转的影响。这里有xtc文件生成。
例如一开始某个水分子两个氢原子之间连出一个向量，这个向量和竖直方向的夹角的余弦表示为cosA，过一段时间t之后，这个向量和竖直方向夹角的余弦为cos(A(t))。
我想得到一个函数f=∑cosA(t)，我应该怎么做？每一个水分子应该都有个f，我一共有1144个水分子。

sobereva

你是指写程序上的问题？还是算法问题？

rotacf可以计算转动自相关函数，traj可以绘制转动能，也许你也用得着。